公司不配合工伤费用申请流程，劳动者可以依法向社会保险行政部门申请工伤认定，并通过法律途径维护自身权益。
一. 工伤认定与费用申请
工伤认定：根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。若用人单位未按规定提出工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
费用申请：工伤认定后，劳动者有权依法享受工伤保险待遇，包括医疗费用、康复费用、一次性伤残补助金等。若用人单位不配合申请工伤费用，劳动者可以依据《工伤保险条例》的相关规定，直接向社会保险经办机构申请支付相关费用。
二. 公司不配合的法律后果
法律责任：用人单位不配合工伤费用申请流程，违反了《工伤保险条例》的相关规定，可能会面临法律制裁，如被责令改正、罚款等。
劳动者权益保护：劳动者因工伤导致的损失，包括医疗费用、误工费等，应由用人单位或社会保险经办机构承担。若用人单位不配合，劳动者可以通过法律途径追讨相关费用，并有权要求用人单位支付赔偿金。
三. 建议与行动
申请工伤认定：首先，劳动者应尽快向社会保险行政部门申请工伤认定，这是享受工伤保险待遇的前提。
寻求法律援助：若用人单位不配合工伤费用申请流程，劳动者可以寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。
向相关部门投诉：劳动者还可以向劳动监察部门或社会保险行政部门投诉用人单位的违法行为，要求相关部门进行调查处理。
我建议，劳动者在遭遇工伤并经过劳动仲裁后，若公司仍不配合工伤费用申请流程，应果断采取法律措施，依法维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。