首先，明确一点，员工不配合申报工伤保险并申请仲裁，公司仍需按照法定程序处理工伤保险相关事宜，并妥善应对可能的仲裁。以下是对此问题的详细分析：

1. 公司责任与义务：

   • 公司为员工购买了工伤保险，就有义务在员工发生工伤时，协助员工进行工伤申报和理赔。
   • 即使员工不配合，公司也应主动履行这一责任，确保员工的合法权益得到保障。

2. 员工不配合的处理：

   • 了解原因：首先，公司应尝试与员工沟通，了解其不配合的具体原因，是出于对流程的不了解、担心影响工作还是其他个人原因。
   • 提供帮助：针对员工的不配合，公司可以主动提供必要的帮助和指导，如解释工伤申报的重要性、流程以及可能获得的赔偿等。
   • 书面通知：如果员工仍然拒绝配合，公司可以书面通知员工，明确告知其不配合可能导致的后果，如无法获得工伤赔偿等。

3. 应对仲裁：

   • 准备证据：如果员工最终选择申请仲裁，公司应提前准备好相关证据，包括工伤保险购买记录、工伤发生情况、与员工沟通的记录等。
   • 积极应诉：在仲裁过程中，公司应积极配合仲裁机构的调查，如实陈述事实，提供必要证据。

4. 法律建议：

   • 公司应始终遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。
   • 在处理此类问题时，建议公司咨询专业律师，以确保处理方式的合法性和有效性。当然，您可以直接向我咨询具体的法律问题。

综上所述，面对员工不配合申报工伤保险并申请仲裁的情况，公司应主动履行责任，与员工沟通并提供帮助，同时做好应对仲裁的准备。如有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我提问。