当公司给员工申请了工伤后，员工却不配合，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：

首先，我们需要了解员工不配合的具体原因。员工可能对工伤认定的流程不熟悉，不清楚需要准备哪些材料或按照怎样的步骤操作；或者，员工可能存在其他顾虑，比如担心申请工伤会影响工作安排、与同事关系等。针对这些原因，我们可以采取以下措施：

1. 积极沟通，消除疑虑：

   • 与员工进行坦诚的沟通，耐心倾听其真实想法。
   • 向员工详细解释工伤申请的重要性和必要性，说明申请成功后能保障其合法权益，如获得医疗费用报销、相应补偿等。

2. 告知法律后果：

   • 如果沟通后员工仍然不配合，我们需要明确告知其不申请工伤可能面临的法律责任，比如无法享受工伤待遇，后续治疗费用需自行承担等。

3. 保留关键证据：

   • 注意保留与工伤事故相关的证据，如事故现场的清晰照片、可靠的证人证言等，为后续申请工伤做好充分准备。

4. 应对故意阻碍行为：

   • 如果员工故意阻碍工伤申请，我们可以通过合法途径解决，比如向劳动监察部门反映情况，要求员工配合。

5. 特殊情况特殊处理：

   • 如果员工因受伤无法自行申请工伤，用人单位可以代为申请，并留存好相关证据和沟通记录。

此外，根据相关规定，如果员工不配合工伤认定，用人单位、工会组织等在事故伤害发生之日起1年内可以直接申请，员工不配合不影响认定程序。如果员工不配合劳动能力鉴定，已认定工伤的，可能会停止享受工伤保险待遇；拒不接受劳动能力鉴定满一定期限的，可能会停止支付工伤待遇。如果员工不配合治疗，违反医嘱拒绝治疗，工伤保险基金和单位也可以停止支付相关费用，待其配合后再恢复。

综上所述，面对员工不配合申请工伤的情况，我们需要通过积极沟通、告知法律后果、保留证据、应对故意阻碍以及特殊情况特殊处理等方式来妥善解决。同时，我们也要遵循法律法规及公司制度，保障员工合法权益的同时维护公司正常运营秩序。