若遇到工伤申请时公司不配合的情况，您可以通过以下途径维护自身合法权益：

1. 自行申报工伤认定
   根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害后，用人单位应在30日内向社保部门提出工伤认定申请；若公司未申报，您或您的近亲属、工会组织可在1年内直接向公司所在地社保部门提出申请。需准备以下材料：
   

• 劳动关系证明（如劳动合同、工资流水、工牌等）；
  
• 医疗诊断证明（如病历、诊断书、检查报告等）；
  
• 事故证明（如证人证言、现场照片、报警记录等）。
  社保部门受理后会展开调查，若认定符合工伤条件，会出具《工伤认定决定书》，后续可凭此申请劳动能力鉴定和工伤待遇。

1. 通过劳动监察部门投诉
   若公司拒绝配合申报工伤，可能同时存在未缴纳工伤保险、拖欠医疗费等违法行为。您可向当地劳动保障监察大队投诉，要求公司履行法定义务（如补缴社保、支付医疗费）。投诉时需提供劳动关系证明和公司不配合的证据（如聊天记录、录音等），监察部门会介入调查并责令整改。

2. 申请劳动仲裁或提起诉讼
   若公司仍拒绝承担工伤责任（如拒付停工留薪期工资、伤残补助金等），您可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工伤待遇。仲裁需在工伤认定后1年内提出，需提交《工伤认定决定书》、医疗费用单据、工资证明等证据。若对仲裁结果不服，可在15日内向法院起诉。

3. 特殊情况处理

• 未签劳动合同：可通过工资流水、工牌、考勤记录等证明劳动关系，再申请工伤认定；
  
• 公司未缴工伤保险：根据《工伤保险条例》第六十二条，公司仍需承担全部工伤待遇，您可直接要求公司支付；
  
• 公司注销或跑路：若公司已注销，可向其股东、出资人主张权利；若公司跑路，可申请劳动仲裁确认劳动关系后，向社保部门申请先行支付工伤待遇（需公司未缴社保）。

温馨提示：工伤认定是后续维权的关键，务必在1年内及时申请。若公司以“非工伤”为由拒绝配合，您需重点收集事故与工作相关的证据（如工作时间、地点、任务等）。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。