面对公司拒不配合申请工伤认定的情况，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 自行收集证据并申请工伤认定

   • 法律依据：根据《工伤保险条例》第十七条，用人单位未提出工伤认定申请的，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 准备材料：你需要准备劳动合同文本复印件或劳动关系证明材料（如工资支付记录、工作证、考勤记录等）、医疗机构出具的受伤后诊断证明书或职业病诊断证明书，以及事故现场的证人证言、相关的工作记录等其他与工伤认定相关的证据。
   • 申请流程：携带上述材料向当地人力资源和社会保障局提出工伤认定申请，并填写工伤认定申请表。社会保险行政部门将在15日内审核材料，并可能进行调查核实。若用人单位不配合调查，社保部门可责令其限期提交材料，逾期不提交则相关费用由用人单位负担。一般情况下，社保部门自受理申请之日起60日内作出工伤认定决定，特殊情况可在15日内作出。

2. 确认劳动关系仲裁或诉讼

   • 若未签订劳动合同或公司否认劳动关系，你需要先确认劳动关系。可以向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，附上相关证据材料。仲裁委员会将进行审查、受理、审理，并作出裁决。若对仲裁裁决不服，可向人民法院提起诉讼，请求确认劳动关系。

3. 寻求其他帮助

   • 与公司协商：尝试与公司沟通，说明工伤认定的必要性，争取其配合。虽然公司可能一开始不配合，但通过沟通，有时可以达成一定的共识或解决方案。
   • 投诉举报：向劳动监察部门投诉公司的不配合行为。劳动监察部门有权依法查处并责令公司改正其违法行为。
   • 寻求工会帮助：若公司有工会组织，可向工会寻求协助。工会将代表职工与用人单位沟通协调，争取维护职工的合法权益。

4. 通过法律途径解决争议

   • 劳动仲裁：工伤认定完成后，若公司不承担工伤赔偿责任，你可依法向劳动仲裁机构提起仲裁。在仲裁过程中，你需要提供充分证据支持自己的主张，包括工伤认定决定书、医疗费用票据等。
   • 法律诉讼：若对仲裁结果不服，可向人民法院提起诉讼。法院将对工伤认定和赔偿责任进行最终裁决，确保你的合法权益得到维护。

5. 了解相关法律法规和程序

   • 熟悉《工伤保险条例》等相关法律法规，了解自己的权益和义务。这有助于你在维权过程中更加自信、有力地主张自己的权利。
   • 了解工伤认定的具体程序和要求，确保你的申请符合规定。避免因程序问题影响认定结果，从而耽误维权进程。

在整个过程中，你应保持冷静和理性，注意保留好所有与工伤相关的证据材料。这些证据材料将是你维权的重要依据。同时，你也可以随时向我咨询相关法律问题，我将为你提供专业的法律建议和支持。记住，法律是保护你权益的有力武器，你有权依法维护自己的合法权益。