当公司申请工伤后却后续不配合时，您可以通过以下多个途径来有效维护自己的合法权益：

一、自行收集并保存证据

首先，尽快自行收集与工伤相关的所有证据，这是非常关键的一步。证据包括但不限于：

• 劳动关系证明：如劳动合同、工资支付记录（银行流水）、工作证、考勤记录等，这些都是证明您与公司存在劳动关系的重要材料。
• 工伤发生相关证据：包括事故发生的时间、地点、经过等证明材料，如现场照片、视频、证人证言等。这些证据有助于还原事故真相，支持您的工伤申请。

二、申请工伤认定

在收集到足够证据后，您可以向当地劳动保障行政部门提交工伤认定申请。注意以下几点：

• 提出申请：如果公司未在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内提出工伤认定申请，那么您或者您的近亲属、工会组织可以在1年内直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。
• 等待认定结果：社会保险行政部门会根据您提交的证据材料进行审核调查，并作出是否认定为工伤的决定。即使公司不配合提供相关材料，社会保障部门也可根据已有证据进行认定。

三、申请劳动仲裁

如果公司仍然不配合，拒绝承担工伤赔偿责任，您可以通过劳动仲裁途径来维权：

• 准备材料：包括仲裁申请书（详细陈述申请事项、事实和理由，明确请求公司支付的工伤赔偿项目和金额）和相关证据材料（如劳动关系证明、工伤认定决定书等）。
• 提起仲裁：将准备好的材料提交给劳动争议仲裁委员会，并积极参与仲裁庭审，如实陈述事实，提供证据支持自己的主张。
• 执行仲裁裁决：如果仲裁委员会作出裁决支持您的诉求，而公司仍然不履行支付义务，您可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。

四、向劳动监察部门投诉

您还可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为，如拒绝配合工伤认定、不支付工伤赔偿等。投诉时，要详细说明情况并提供相关证据材料。劳动监察部门会对投诉进行调查处理，并跟进处理结果。

五、寻求法律援助或咨询专业律师

如果您在经济上遇到困难或需要更专业的法律帮助，可以向当地的法律援助机构申请法律援助，或自行咨询专业的劳动法律师。律师可以根据您的具体情况提供专业的法律建议和解决方案。

综上所述，面对公司申请工伤后不配合的情况，您有多种途径可以维权。请务必保持冷静，积极收集证据，并依法通过正当途径维护自己的合法权益。