当申请工伤认定时公司不配合，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
自行收集证据并申请工伤认定
收集证据：这是关键的一步。你需要收集能证明你与公司存在劳动关系以及工伤事故发生的证据。这包括但不限于劳动合同、工资支付记录（如银行流水）、工作证、考勤记录、事故现场的照片或视频、同事的证人证言以及医疗诊断证明等。例如，如果你没有书面劳动合同，但每月工资都通过银行转账发放，这些银行流水就可以作为证明劳动关系的有效证据。
申请工伤认定：根据《工伤保险条例》的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果单位不按规定申请，你或者你的近亲属、工会组织可以在1年内直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。在申请时，你需要填写《工伤认定申请表》，并附上前面收集的相关证据材料。
利用工会与劳动监察部门资源
工会协助：如果你的单位有工会组织，你可以请求工会介入调解，促使公司配合工伤认定。工会作为职工的代表，有责任和义务维护职工的合法权益。
劳动监察投诉：你也可以向当地劳动监察部门投诉公司的不配合行为。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行监督检查，并责令其改正。在投诉时，你需要详细说明公司的违法行为，并提供相关证据材料。
法律途径维权
劳动仲裁：如果公司拒不配合导致你的权益受损，你可以在工伤认定后依法向劳动仲裁委员会提起仲裁，要求公司承担工伤赔偿责任。在仲裁过程中，你需要提供充分的证据来支持你的主张。
诉讼：如果你对劳动仲裁结果不服，你可以进一步向法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。法院将根据事实和法律规定作出公正的判决。
了解并利用法律规定
根据《工伤保险条例》的相关规定，用人单位未按时提交工伤认定申请的，期间发生的相关费用由其自行承担。这意味着，即使公司不配合，你仍然有权获得工伤赔偿，且相关费用可能由公司承担。
社会保险行政部门在收到工伤认定申请后，会进行调查核实。如果用人单位拒不协助调查，社会保险行政部门将责令其改正，并处以罚款。这为你提供了法律上的支持。
注意事项
证据保管：在整个过程中，你需要妥善保管所有与工伤相关的证据材料，以备不时之需。这些证据将是你维权的重要依据。
权利保障：即便公司不配合，只要你能够提供充分证据，劳动保障部门仍然可以依法作出工伤认定决定，不影响你获得工伤赔偿的权利。
示例说明：
假设小李在公司工作时受伤，但公司拒绝配合他进行工伤认定。小李可以按照上述步骤操作：首先，他收集了劳动合同、工资支付记录、事故现场照片以及同事的证人证言等证据；然后，他填写了《工伤认定申请表》，并附上相关证据材料，向当地社会保险行政部门提出了工伤认定申请；同时，他也向工会和劳动监察部门寻求了帮助；在工伤认定后，他依法向劳动仲裁委员会提起了仲裁，要求公司承担工伤赔偿责任。最终，小李通过法律途径维护了自己的合法权益。
总结与建议：
面对公司不配合工伤认定的情况，你应保持冷静和理性，积极采取措施保护自己的合法权益。通过自行收集证据、利用工会和劳动监察部门资源、提起法律程序以及了解相关法律规定，你可以有效地推动工伤认定的进程，并最终获得应有的赔偿。在整个过程中，保持证据的完整性和真实性至关重要。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。