结论前置：在加班申请未获批准但员工已实际加班的情况下，处理这一问题需兼顾公司规定与员工权益，通过沟通、核实与合理处理解决争议，必要时可诉诸法律途径。以下是从员工和用人单位两个角度的详细分析：
对于员工
查阅公司规定：
- 员工应首先详细阅读公司的加班政策、员工手册及劳动合同，明确关于加班申请、审批流程及未经批准加班的处理方式。这有助于员工了解自身权利与公司义务，为后续行动提供依据。
及时沟通并说明原因：
- 员工应尽快与直接上级或人事部门进行沟通，以诚恳的态度解释加班的紧迫性和必要性，如应对紧急工作任务、满足客户需求等。建议采用书面或邮件形式，以便留下沟通记录作为后续可能的证据。例如，员工可以发送一封邮件，详细说明加班的原因、时间、工作内容等，并附上相关的工作成果或证据。
保留加班证据：
- 员工应收集并保存所有能证明加班事实的材料，包括但不限于工作成果展示、与工作相关的电子邮件、即时通讯记录、打卡记录（如有）等。这些证据在加班争议中至关重要，有助于维护个人权益。例如，员工可以保存加班期间的工作邮件、聊天记录或工作照片等，以证明自己确实在加班。
了解法律途径：
- 若公司不认可加班或拒绝支付加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。根据《劳动法》的相关规定，员工有权获得加班费或调休等补偿。员工在申请劳动仲裁时，应提交加班证据、沟通记录等相关材料，以支持自己的主张。
对于用人单位
迅速核实情况：
- 用人单位在收到员工关于未经批准加班的反馈后，应立即调查核实加班的具体情况和原因，包括工作任务的紧急性、加班的必要性以及是否存在无法提前申请的特殊情况。这有助于用人单位了解事实真相，为后续处理提供依据。
人性化处理：
- 若确认员工加班确系为公司利益且必要，用人单位应从人性化管理角度出发，认可此次加班，并根据公司规定支付加班费或安排调休。此举有助于维护员工关系，提升团队凝聚力。例如，用人单位可以与员工协商，根据加班时间和工作内容给予相应的加班费或调休时间。
审视并完善制度：
- 频繁出现未经批准加班的情况，提示用人单位应审视现有加班申请流程是否过于繁琐或缺乏灵活性。必要时，用人单位应对制度进行优化和完善，确保既能有效控制加班成本，又能灵活应对突发工作需求。例如，用人单位可以简化加班申请流程，或者设立紧急加班申请通道，以便员工在紧急情况下能够及时申请加班。
总结与建议：
加班申请未获批准但员工已实际加班是一个复杂且敏感的问题，需要双方共同努力寻求妥善解决方案。员工应主动了解公司规定，积极沟通并保留证据；用人单位则应秉持人性化管理理念，合理处理加班争议，并不断完善相关制度以避免类似问题再次发生。在无法通过协商解决时，双方均可诉诸法律途径维护自身权益。
额外提醒：
- 作为员工，在加班前尽量提前申请并获得批准，以避免不必要的争议。
- 作为用人单位，应建立健全加班管理制度，明确加班申请、审批、补偿等流程，以减少类似问题的发生。
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