结论：因加班太晚申请离职公司不批的情况，您有权依法离职，公司不批准并不影响您离职的合法性。以下是从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
劳动者离职权利：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这意味着，只要您按照法律规定提前通知了公司，就有权离职，无需公司批准。
加班与离职的关系：
- 加班虽然可能让您感到疲惫，但它并不构成您离职的法定障碍。您因加班太晚而选择离职，是出于个人原因，不影响您依法行使离职权利。
公司不批准的法律后果：
- 如果公司不批准您的离职申请，且您已经按照法律规定提前通知了公司，那么您可以在通知期满后自行离职。公司若因此扣发工资、拒绝办理离职手续等，均属于违法行为，您可以依法维权。
二、实际操作角度
书面通知公司：
- 建议您以书面形式（如邮件、信件等）向公司提交离职申请，并明确离职日期和原因。这样既能保留证据，又能确保公司收到您的离职通知。
保留相关证据：
- 在离职过程中，建议您保留好与公司的沟通记录、加班记录、工资条等相关证据。这些证据在后续维权过程中可能会起到关键作用。
办理离职手续：
- 在通知期满后，您可以要求公司为您办理离职手续，包括结算工资、转移社保等。如果公司拒绝办理，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、特殊情况处理
公司提出协商：
- 如果公司提出与您协商离职事宜，如延长离职时间、支付经济补偿等，您可以根据自己的实际情况和需求进行考虑。但请注意，协商应基于平等、自愿的原则，您有权拒绝不合理的协商条件。
遭遇违法阻挠：
- 如果公司在您依法离职过程中采取扣发工资、拒绝办理离职手续、威胁恐吓等违法手段阻挠您离职，您可以立即向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议：在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，依法行使自己的权利。如果公司不批准您的离职申请或采取其他违法手段阻挠您离职，您可以及时向我咨询或寻求其他法律帮助。作为专业律师，我将根据您的具体情况为您提供针对性的法律建议和帮助。