关于回扣退还公司后是否会被立案以及回扣的归属问题，可以明确以下几点：

1. 回扣退还公司后是否会被立案：

   • 立案与否取决于多种因素：回扣退还公司后，是否会被立案主要取决于回扣的性质、数额、涉及的法律条款以及是否存在其他违法行为。如果回扣构成商业贿赂或违反了相关法律法规，即使已经退还，也可能因为之前的违法行为而面临立案调查。
   • 退还行为可能减轻处罚：如果回扣行为被发现后，主动退还并积极配合调查，这通常会被视为一种悔过表现，可能在一定程度上减轻处罚或影响立案的决定。但并不能完全消除违法行为的法律后果。
   • 具体案例需具体分析：每个案件都有其独特性，包括回扣的数额、涉及的人员、公司的态度等都会影响立案的决定。因此，无法一概而论地说退还后就不会立案。

2. 回扣是上缴国家还是给单位：

   • 回扣性质决定归属：回扣如果构成非法所得，如商业贿赂，那么根据相关法律法规，这部分资金应当上缴国家，而不是退还给单位。因为单位本身可能也是违法行为的受害者或参与者，不能简单地将回扣退还。
   • 合法所得与非法所得的区分：如果回扣是在合法商业活动中，按照行业惯例或双方约定给予的，且不违反法律法规，那么这部分资金可能属于合法所得。但在实际操作中，回扣往往与商业贿赂等违法行为相关联，因此很难被认定为合法所得。
   • 单位内部处理与法律后果：即使回扣被退还给单位，单位也需要根据内部规章制度和法律法规进行处理。如果回扣构成违法行为，单位不能私自处理，而应配合相关部门进行调查，并依法上缴非法所得。

法律建议：

• 主动配合调查：如果涉及回扣问题，建议主动配合相关部门的调查，如实说明情况，提供证据。
• 咨询专业律师：在处理回扣问题时，建议咨询专业律师，了解相关法律法规和案件处理流程，以便更好地维护自己的合法权益。
• 加强内部管理：对于公司而言，应加强内部管理，建立健全的规章制度，防止回扣等违法行为的发生。

可能法律后果：

• 行政处罚：如果回扣行为违反了相关法律法规，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
• 刑事责任：如果回扣行为构成犯罪，如商业贿赂罪，可能面临刑事责任，包括有期徒刑、罚金等。

总之，回扣问题涉及复杂的法律关系和后果，建议在实际操作中谨慎处理，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。