当国企怀疑员工存在拿回扣的行为时，确实需要依法依规进行立案处理。以下是一个详细且清晰的立案指南，希望能帮助您更好地理解和操作：

一、确定案件性质及管辖机关

首先，要明确员工的身份和行为性质，以确定可能涉及的犯罪类型及相应的管辖机关：

1. 若员工为国家工作人员（如国企中的管理人员或从事公务的人员）：

   • 可能构成受贿罪，由监察机关管辖。

2. 若员工为非国家工作人员：

   • 可能构成非国家工作人员受贿罪或职务侵占罪，由公安机关管辖。

二、全面收集合法证据

证据是立案的基础，必须确保收集的证据真实、合法、有效，并具备关联性。以下是一些关键的证据类型：

• 交易记录：包括合同、发票、采购订单、付款凭证等，用于梳理业务往来，寻找异常线索。
• 通信记录：如邮件、短信、微信聊天记录等，可能包含回扣商议的内容。
• 证人证言：来自知情人的证言，可以增强证据链的完整性。
• 财务证据：公司财务账目中的异常支出或收入，可能反映回扣的踪迹。

注意：在收集证据的过程中，必须严格遵守法律法规，避免侵犯员工的隐私权或其他合法权益。

三、成立专业调查小组

为了确保立案的准确性和公正性，国企应成立由法务人员、审计人员等组成的专业调查小组，对涉嫌拿回扣的情况进行深入调查。调查小组应独立、客观地分析证据，形成调查报告。

四、提交立案申请与审核评估

1. 提交申请：根据企业内部程序，向管理部门或领导提交立案申请，详细说明怀疑依据、已掌握的证据及立案理由。
2. 审核评估：管理部门或领导对证据进行审核评估，判断是否满足立案条件。如不符合，需补充证据或采取其他措施。

五、向相关机关报案与侦查

1. 报案：根据案件性质，向公安机关或监察机关提交报案材料，包括公司及报案人信息、被举报人信息、案件事实、法律依据等。
2. 侦查：公安机关或监察机关在接到报案后，会进行初步审查。如认为有犯罪事实存在且需追究刑事责任，则立案侦查，并依法进行调查、传唤、讯问等。

六、法律依据与处罚标准

员工拿回扣的行为可能构成非国家工作人员受贿罪或受贿罪，依据《中华人民共和国刑法》的相关规定进行处罚。处罚标准根据受贿所得数额及情节而定，包括有期徒刑、拘役、罚金等。

七、企业后续处理与防范措施

1. 后续处理：

   • 如果员工被证实存在违法行为，企业可依法与其解除劳动合同，并追究其相应的法律责任。
   • 同时，企业应积极配合相关机关的调查工作，提供必要的协助和支持。

2. 防范措施：

   • 建立健全内部管理制度，加强对关键环节的监督和管理。
   • 加强员工教育与培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。
   • 建立举报机制，鼓励员工举报违法行为，并给予保护和奖励。

综上所述，国企在怀疑员工拿回扣时，应依法依规进行立案处理，通过收集确凿证据、成立专业调查小组、提交立案申请、经审核评估后向相关机关报案，并依据法律规定对员工行为进行处罚。同时，加强企业内部管理和员工教育，预防类似行为再次发生。希望这个指南能对您有所帮助。