私企员工拿回扣的行为，如果构成犯罪，将涉及非国家工作人员受贿罪的立案流程。以下是对此流程的详细解答：

一、初步调查与举报

1. 内部举报或发现：通常，私企内部可能会通过财务审计、员工举报或其他方式发现员工存在拿回扣的行为。
2. 初步核实：公司管理层或相关部门会对举报或发现的情况进行初步核实，包括查阅相关交易记录、询问涉事员工等。

二、正式立案

1. 向公安机关报案：如果初步核实确认员工存在拿回扣且数额较大，构成犯罪嫌疑，公司可以向当地公安机关报案。
2. 公安机关初查：公安机关接到报案后，会进行初步调查，包括询问报案人、调取相关证据等，以确定是否有犯罪事实发生，是否需要立案侦查。

三、侦查阶段

1. 深入调查：一旦立案，公安机关会进行深入调查，包括询问涉事员工、证人，调取交易记录、通信记录等证据。
2. 采取强制措施：如果调查过程中发现涉事员工有逃避侦查、毁灭证据等行为，公安机关可能会采取拘留、逮捕等强制措施。

四、审查起诉

1. 移送检察院：公安机关完成侦查后，会将案件移送当地人民检察院进行审查起诉。
2. 检察院审查：检察院会对案件进行全面审查，包括审查证据是否充分、犯罪事实是否清楚、适用法律是否正确等。
3. 提起公诉：如果检察院认为案件符合起诉条件，会依法向法院提起公诉。

五、审判阶段

1. 开庭审理：法院受理案件后，会安排开庭审理。在庭审过程中，检察院会指派公诉人出庭支持公诉，涉事员工及其辩护人也会出庭应诉。
2. 判决：法院根据审理情况，依法对涉事员工作出判决。如果构成非国家工作人员受贿罪，法院会依据犯罪情节、认罪态度、退赃情况等因素，判处相应的刑罚和罚金。

六、执行与后续

1. 执行刑罚：判决生效后，涉事员工需按照判决来履行刑罚，如服刑、缴纳罚金等。
2. 公司处理：同时，公司也可以依据内部规章制度，对涉事员工进行相应的处理，如解除劳动合同、追回违法所得等。

综上所述，私企员工拿回扣的立案流程涉及多个环节和部门，包括公司内部调查、公安机关侦查、检察院审查起诉以及法院审判等。在整个流程中，证据的收集和保留至关重要，它将直接影响到案件的最终结果。因此，公司在发现员工存在拿回扣行为时，应及时采取措施收集证据，并依法向相关部门报案。