针对您提出的“私企员工拿回扣一千二百元如何立案”的问题，我需要从法律角度为您详细解答。

首先，关于员工拿回扣的立案金额，法律上并没有一个统一且明确的固定标准。这主要是因为立案与否不仅取决于金额大小，还涉及案件的性质、情节以及具体法律规定。

对于私企员工而言，如果其拿回扣的行为涉嫌非国家工作人员受贿罪，那么根据相关司法解释，通常受贿数额在六万元以上不满一百万元的，可能会被视为“数额较大”，从而有立案追诉的可能。但您提到的金额是一千二百元，这明显低于上述的立案标准。

然而，这并不意味着一千二百元的回扣就完全不会被立案。在实际操作中，司法机关会结合案件的具体情况，如回扣的获取方式、是否对单位造成了重大损失、是否涉及其他违法犯罪行为等，进行综合判断。如果回扣行为虽然金额不大，但情节恶劣，或者与其他违法犯罪行为有关联，那么仍然有可能被立案侦查。

此外，不同地区对于立案标准也可能存在差异。因此，在具体案件中，还需要参考当地司法机关的实际操作和判断标准。

对于您的情况，如果私企员工拿回扣一千二百元，且没有其他恶劣情节或关联违法犯罪行为，那么从金额上看，可能难以达到立案的标准。但这并不意味着您可以忽视这种行为。作为企业，应该加强内部管理，完善规章制度，明确禁止员工拿回扣等违法违纪行为，并加强监督和检查，以防止类似行为的发生。

最后，如果您认为该员工的行为已经构成了违法犯罪，且您有充分的证据支持，那么您可以向当地公安机关报案，由公安机关进行调查和判断。但请记住，报案前请确保您有足够的证据来支持您的指控，以避免不必要的法律纠纷。