结论前置：公司员工拿回扣，若数额达到法定标准或具有其他严重情节，可能构成非国家工作人员受贿罪，公司可以依法进行内部处理并视情况追究员工的刑事责任。具体来说，非国家工作人员受贿罪的立案标准通常涉及受贿数额及情节严重程度，下面我将从这两个方面进行详细阐述。
一、受贿数额标准
基本数额标准：
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条的规定，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取或非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，构成非国家工作人员受贿罪。这里的“数额较大”在司法实践中，一般多采用3万元作为起刑点，但具体数额可能因地区差异及案件具体情况而有所不同。不过，也有观点认为，受贿数额在5000元以上即可能构成犯罪，这主要取决于案件的具体情节和司法机关的裁量。
数额计算公式（示例）：
- 假设某员工多次收受回扣，每次数额不等，要判断其是否构成犯罪，需将所有回扣数额相加。例如，该员工分别收受回扣2000元、3000元、5000元，则总数额为10000元。若按照3万元起刑点的标准，此案例中员工尚未构成犯罪；但若按照5000元即构成犯罪的观点，且考虑其他严重情节，该员工则可能面临刑事责任。
二、情节严重程度
情节标准概述：
- 即使受贿数额未达到上述标准，但若受贿行为导致国家或社会利益遭受重大损失，或故意刁难、要挟有关单位、个人造成恶劣影响，也可能被立案追诉。此外，收受回扣的次数、为员工谋取利益的大小等也是判断因素。
具体情节考量：
- 次数：多次收受回扣，即使每次数额不大，累计也可能达到立案标准。
- 利益大小：若通过收受回扣谋取了重大利益，即便数额未达标，也可能因情节严重而被立案。
- 影响程度：受贿行为是否对公司、客户或市场造成了恶劣影响，也是判断是否立案的重要依据。
三、公司内部处理与刑事责任追究
公司内部处理：
- 发现员工收受回扣后，公司应立即进行内部调查，收集确凿证据。依据内部规章制度对员工进行处理，如警告、公示、扣除工资、解除劳动合同等。
刑事责任追究：
- 若员工行为构成犯罪，公司应向公安机关报案，依法追究其刑事责任。根据《刑法》规定，构成非国家工作人员受贿罪的员工将面临有期徒刑、拘役、罚金等处罚。
四、建议与总结
- 加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，明确禁止员工收受回扣等违法行为，并加强监督和检查。
- 及时咨询与报案：若发现员工存在收受回扣的行为，公司应及时咨询专业律师（即向我咨询），了解具体法律意见，并根据情况向公安机关报案。
- 维护法律尊严：公司及员工应共同维护法律的尊严和市场的公平竞争秩序，坚决抵制任何形式的贿赂行为。
综上所述，公司员工拿回扣的立案标准是一个综合考虑多方面因素的复杂过程。对于公司及员工而言，明确法律边界、加强内部管理、及时咨询并依法处理是防范风险的关键。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。