关于员工扣留公司货款多少钱可以起诉的问题，以下是我的详细解答：
首先，从法律角度来看，员工扣留公司货款的行为可能构成职务侵占或挪用资金等犯罪，具体罪名和立案标准取决于行为的性质和涉案金额。
职务侵占罪：员工利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，如果达到当地规定的职务侵占罪立案标准（如有些地方规定涉及金额达到6万元以上时属于数额较大），那么公安机关会予以立案处理。
挪用资金罪：员工利用职务便利，挪用单位资金归个人使用或借贷给他人。根据相关法律规定，挪用资金1万-3万以上且超过三个月未还、5000元-2万以上用于营利活动、5000元-1万以上用于非法活动，会被立案追诉。
其次，从民事诉讼的角度来看，无论金额大小，公司都可以向法院提起诉讼来维护自身权益。但在实际操作中，起诉需要综合考虑成本、时间精力等因素。对于较小金额的案件，可能在诉讼成本上不太划算。然而，这并不意味着公司可以忽视这些小额损失，而是应该通过其他途径（如内部处理、调解等）来尽量挽回损失。
最后，我建议公司在发现员工扣留货款后，应立即收集相关证据（如交易合同、送货凭证、货款支付记录、员工截留的相关证据等），并根据具体情况决定是否向公安机关报案或向法院提起诉讼。如果涉案金额较大或行为性质恶劣，那么通过法律途径来追究员工的法律责任是必要且有效的。
综上所述，员工扣留公司货款的起诉金额并没有一个明确的界限，而是需要根据具体情况来判断。如果公司遇到了类似问题，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。