关于回扣款打回私企后公司是否会立案的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 回扣款的性质与来源：

   • 如果回扣款原本就是公司错误支付或误转给私企的，且私企并无合法依据收取该款项，那么公司在发现后有权要求私企返还。在此情况下，若私企配合返还，公司通常不会选择立案，而是通过协商或民事诉讼途径解决。
   • 如果回扣款涉及违法犯罪行为，如商业贿赂、贪污受贿等，那么无论私企是否返还，公司都可能向公安机关报案，要求立案侦查。因为这类行为不仅损害了公司的利益，还违反了法律法规，需要受到法律的制裁。

2. 私企的返还态度与行为：

   • 如果私企在收到公司要求返还回扣款的通知后，积极配合并主动返还，那么公司可能会考虑不再追究其法律责任，或者通过民事途径解决纠纷，而不会选择立案。
   • 如果私企拒绝返还或采取拖延、逃避等态度，公司可能会认为私企存在恶意占有或违法行为，从而选择向公安机关报案，要求立案处理。

3. 公司的决策与立场：

   • 公司是否选择立案，还取决于其内部的决策机制和立场。有些公司可能更倾向于通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷，以维护商业关系和声誉。
   • 而有些公司则可能更注重法律手段的运用，认为通过立案可以更有效地维护自身权益和打击违法行为。

4. 法律后果与风险：

   • 如果公司选择立案，私企可能面临刑事调查、行政处罚以及民事赔偿等多重法律后果。这不仅会对私企的声誉和经营造成严重影响，还可能涉及个人刑事责任。
   • 对于公司而言，立案也可能带来一定的法律风险和成本，如诉讼费用、时间成本以及可能面临的反诉等。

建议：

• 如果你是公司方，建议先通过书面通知、律师函等方式要求私企返还回扣款，并保留好相关证据。如果私企拒绝配合，再考虑是否向公安机关报案或提起民事诉讼。
• 如果你是私企方，建议积极与公司沟通协商，了解回扣款的性质和来源，并主动配合返还（如果确实存在不当收取的情况）。这样可以避免不必要的法律纠纷和风险。

最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此无法给出绝对的答案。如果你或你的公司面临类似问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。