结论：私企怀疑员工拿回扣但没有实际证据时，通常难以直接起诉或立案。无论是从刑事立案角度还是民事追责角度，都需要一定的证据来支撑。
一、刑事立案角度
立案要求：
- 公安机关等司法机关在刑事层面不会仅凭怀疑就展开立案侦查。他们需要有基本的证据，表明可能存在犯罪行为，才会启动相关程序。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，私企员工利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，才构成犯罪。而立案追诉需要达到一定的数额标准（如五千元以上），并且需要有相关证据证明。
无证据的后果：
- 如果私企仅仅怀疑员工拿回扣，却没有证据，那么司法机关通常不会直接立案。因为缺乏事实依据，无法支撑初步的犯罪嫌疑。
二、民事追责角度
举证责任：
- 从民事角度看，如果私企想追究员工拿回扣给企业造成的损失等责任，就需要自己去收集相关证据来证明自己的主张。
- 民事诉讼中遵循“谁主张，谁举证”的原则。私企作为原告，需要承担举证责任，证明员工存在拿回扣的行为以及该行为给企业造成了损失。
无证据的风险：
- 如果私企拿不出证据，就可能面临举证不能的不利后果。最终，法院可能无法支持私企的诉讼请求，员工也无需承担相应责任。
三、建议与措施
积极收集证据：
- 私企应积极去收集证据，如交易记录、资金流向、相关证人的证言等。这些证据需要能够相互印证，形成完整的证据链。
- 内部可以通过审计等方式深入排查，寻找可能的线索和证据。
考虑报案或民事诉讼：
- 等收集到足够证据后，私企再根据具体情况考虑向公安机关报案（如果涉嫌犯罪）或者通过民事诉讼等途径解决问题。
- 报案时，私企需要向公安机关提供详细的证据材料和情况说明，以便公安机关综合考量是否立案。
完善内部管理：
- 私企还应完善内部管理制度，加强对员工的监督和管理，防止类似事件再次发生。
- 可以建立举报机制，鼓励员工举报违规行为，并对举报人给予保护和奖励。
四、特殊情况
- 即便没有直接证据，只要其他间接证据能形成完整证据链（如与回扣相关的交易记录、资金流向以及呈现异常的财务报表等），案件也有可能立案。但这种情况较为少见，且需要间接证据之间能够相互印证、形成完整的证据体系。
五、后续行动建议
- 如果私企在收集证据过程中遇到困难或需要法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据具体情况提供法律意见和解决方案。
总之，私企在怀疑员工拿回扣但没有实际证据时，应积极收集证据、完善内部管理，并在必要时考虑报案或民事诉讼等途径来维护自身合法权益。