结论：合同上写底薪2500元、加班费2000元、合计工资5300元，合同本身并不因这样的工资结构条款而直接违法，但需满足一定条件，且需关注加班费计算基数及加班时长是否合法。以下从多个角度进行分析：
一、工资结构合法性的一般判断
工资构成自由原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者可以协商确定工资构成，包括底薪、加班费、奖金、津贴等。因此，合同中约定底薪和加班费作为工资的组成部分，本身并不违法。
最低工资标准：
- 底薪作为劳动者在正常工作时间内的基本报酬，不得低于当地最低工资标准。如果2500元的底薪不低于当地最低工资标准，则该部分约定合法。
二、加班费计算的合法性
加班费计算基数：
- 加班费的计算基数通常应为劳动者的正常工作时间工资，即底薪。但需注意，如果合同或规章制度中另有约定，且该约定不低于当地最低工资标准，也可以作为加班费的计算基数。在此案例中，若以2500元为基数计算加班费，且计算方式符合法律规定（如工作日加班按150%、休息日加班按200%、法定节假日加班按300%计算），则加班费部分合法。
- 计算公式示例（假设一个月工作日为21.75天，每天工作8小时，本月加班30小时均为工作日加班）：
- 加班费 = 底薪 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班小时数 × 150%
- 若按此公式计算出的加班费与合同约定的2000元相符（或实际加班情况与约定加班费相匹配），则加班费约定合法。
加班时长限制：
- 劳动者每月加班时长不得超过一定限制（通常为每月不超过36小时）。如果合同中约定的加班费是基于超过法定加班时长的加班工作，则该部分约定可能因违反加班时长限制而无效。但此案例中并未直接涉及加班时长，只是约定了加班费金额，因此需结合实际加班情况判断。
三、合计工资的合法性
合计工资的有效性：
- 合同中约定的合计工资5300元，是底薪和加班费的总和。只要底薪和加班费的约定均合法，且合计金额不违反其他法律规定（如不低于当地最低工资标准与加班费之和的最低要求，不过通常底薪已单独满足最低工资标准），则合计工资的约定也合法。
实际履行中的注意事项：
- 用人单位应确保实际支付的工资与合同约定相符，包括底薪和加班费的准确计算和支付。
- 劳动者应保留好工资条等证据，以便在发生纠纷时证明自己的工资收入情况。
四、潜在风险与建议
潜在风险：
- 如果实际加班时长超过法定限制，或加班费计算基数、计算方式不符合法律规定，用人单位可能面临支付加班费差额、赔偿金等法律责任。
- 劳动者可能因不了解法律规定而遭受权益损害，如未获得足额加班费。
建议：
- 用人单位应依法制定合理的工资制度和加班政策，确保加班费的计算和支付符合法律规定。
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资和加班费的约定，如有疑问应及时向用人单位咨询或寻求法律帮助。
- 双方均应保留好相关证据，如工资条、加班记录等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。