结论：公司合同签署工资2500元，但实际发放为2300元基本工资加上200元全勤，这种做法是否合法，需分情况讨论。

分析：

1. 合同约定与实际发放一致性的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律效力，双方应严格履行。合同中明确约定的工资数额，是双方协商一致的结果，公司应按照合同约定支付工资。
   • 若合同中明确约定工资为2500元，而公司实际只发放2300元基本工资加上200元全勤，这明显违反了合同约定，属于违法行为。员工有权要求公司按照合同约定补足工资差额。

2. 工资构成合理性的角度：

   • 全勤奖励通常作为公司对员工出勤情况的一种激励措施，其性质属于奖金或福利范畴，而非基本工资的一部分。
   • 如果公司合同中并未明确说明工资构成中包含全勤奖励，或者将全勤奖励作为工资的一部分进行约定，但实际发放时却将全勤奖励单独列出，且未达到合同约定的工资总额，这也可能构成违约。
   • 然而，如果合同中明确约定了工资构成，包括基本工资和全勤奖励等，且实际发放时按照该构成进行支付，只是总额未达到2500元（比如合同约定基本工资2000元，全勤奖励500元，但实际全勤奖励只发放了200元），那么这种情况是否违法就取决于合同的具体约定和公司的实际履行情况。如果合同中有关于全勤奖励发放条件的明确约定，且公司按照约定条件进行发放，那么可能不构成违法；但如果公司无正当理由减少全勤奖励的发放，则可能构成违约。

3. 公司规章制度的角度：

   • 公司规章制度中可能对工资构成、发放方式等有具体规定。如果公司规章制度中明确规定了工资构成及发放方式，且该规章制度已经过民主程序制定并公示给员工，那么公司应按照规章制度执行。
   • 但即便如此，如果规章制度中的规定与劳动合同中的约定相冲突，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，应以劳动合同中的约定为准。

建议：

• 对于员工：首先应仔细审查劳动合同中的工资条款，确认合同约定的工资数额及构成。如果发现公司实际发放的工资与合同约定不符，应及时与公司沟通协商，要求公司按照合同约定补足工资差额。如果公司拒绝补足或协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司：应严格遵守劳动合同法的相关规定，按照合同约定支付员工工资。如果需要对工资构成或发放方式进行调整，应提前与员工协商一致并修改劳动合同或公司规章制度中的相关条款。同时，应确保公司规章制度的制定程序合法且已公示给员工，以避免因规章制度违法而引发的劳动争议。

可能后果：

• 如果公司被认定存在违法行为，可能需要承担补足工资差额、支付经济补偿金等法律责任。同时，公司的违法行为还可能影响其声誉和信誉度，对公司的长期发展产生不利影响。