结论：加工厂劳动合同中约定按底薪计算工资，而实际月薪超过底薪且加班不算钱的情况，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与规定
最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。底薪作为工资的一部分，其设定本身应不低于最低工资标准，但这并不意味着用人单位可以仅按底薪支付工资，而忽略其他工资组成部分。
加班工资计算：
- 加班工资是劳动者在超出正常工作时间外提供劳动所应获得的报酬。根据《劳动法》第四十四条，加班工资的计算应基于劳动者的正常工作时间工资（通常理解为包括底薪在内的全部工资性收入），而非仅底薪。
- 具体来说，工作日加班应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班且不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、合同条款的合法性分析
合同条款的显失公平：
- 如果劳动合同中明确约定仅按底薪计算工资，且加班不算钱，这样的条款可能因显失公平而被认定为无效。因为这样的条款剥夺了劳动者获得加班工资的权利，违反了劳动法的公平原则。
合同条款的违反法律强制性规定：
- 加班工资的计算和支付是劳动法的强制性规定，用人单位必须遵守。如果劳动合同中的相关条款违反了这些强制性规定，那么这些条款是无效的，用人单位仍需按照法律规定支付加班工资。
三、实际案例与法律后果
实际案例：
- 在实践中，已经有多起因用人单位未支付加班工资而引发的劳动争议案件。法院在审理这些案件时，通常会依据劳动法的相关规定，判决用人单位支付劳动者应得的加班工资。
法律后果：
- 如果用人单位未按照法律规定支付加班工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律程序来维护自己的合法权益。用人单位可能面临支付加班工资、赔偿金以及行政处罚等法律后果。
四、建议与措施
审查劳动合同：
- 劳动者应仔细审查劳动合同中的工资条款，确保自己的权益得到保障。如果发现合同中存在违法或显失公平的条款，应及时与用人单位协商修改或寻求法律帮助。
保留证据：
- 劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班记录、工资条等，以便在发生争议时能够证明自己的加班情况和应得的加班工资。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者与用人单位就加班工资问题发生争议，且无法协商解决，可以寻求法律帮助，通过劳动仲裁或诉讼等法律程序来维护自己的合法权益。
总结：加工厂劳动合同中约定按底薪计算工资且加班不算钱的情况是不合法的。劳动者应了解自己的权益和法律规定，并在必要时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。