针对您提出的“非法长期占用厂房怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律法规的严肃话题。非法长期占用厂房，尤其是当该厂房位于农用地之上时，不仅违反了土地管理法规，还可能触犯刑法，面临严重的法律后果。以下是我为您详细梳理的处理流程和法律后果：
一、法律后果
行政处罚：
- 责令改正：自然资源主管部门会首先向当事人下达责令改正通知书，要求其停止违法行为，限期拆除厂房，恢复土地原状。
- 罚款：根据非法占用土地的面积和情节严重程度，罚款金额通常为每平方米100元至1000元不等。
- 没收违法所得与建筑物：若厂房建设符合土地利用总体规划，相关部门可以予以没收，并可并处罚款。同时，非法所得也将被依法没收。
刑事处罚：
- 若非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，且造成耕地种植条件严重毁坏或严重污染的，将构成非法占用农用地罪，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。
- 若是在国家公园、国家级自然保护区等特定区域进行非法建设，造成严重后果或者有其他恶劣情节的，同样需承担刑事责任。
二、处理流程
立案调查：
- 自然资源主管部门在接到举报或发现违法行为后，会进行立案调查，收集相关证据，包括现场勘查、询问当事人等。
责令改正与行政处罚决定：
- 在调查清楚事实后，自然资源主管部门会向当事人下达责令改正通知书，并视情况作出行政处罚决定，如罚款、没收违法所得等。
申请强制执行：
- 若当事人在规定期限内未履行行政处罚决定，自然资源主管部门可申请人民法院强制执行，包括拆除厂房、恢复土地原状等。
刑事移送：
- 对于达到刑事追诉标准的案件，自然资源主管部门会将案件移送公安机关，由公安机关立案侦查，检察机关提起公诉，最终由人民法院依法判决。
三、建议与预防
- 增强法律意识：任何单位或个人在进行建设活动前，务必了解并遵守相关法律法规，办理必要的审批手续，确保建设活动的合法性与合规性。
- 及时咨询与沟通：若对土地用途、建设审批等流程存在疑问，建议及时咨询当地自然资源主管部门或专业律师，避免因无知而违法。
- 积极配合调查与处理：若已涉嫌非法占用厂房，应积极配合相关部门的调查与处理工作，主动拆除违法建筑、恢复土地原状，以减轻法律后果。
综上所述，非法长期占用厂房是严重的违法行为，不仅可能面临行政处罚和刑事处罚，还会对土地资源和生态环境造成不可逆转的损害。因此，我强烈建议您务必遵守相关法律法规和政策文件的规定，依法依规进行建设活动。