针对“厂房超过三年合法吗怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，厂房的合法性并非单纯由其存在时间决定，而是与多个因素相关，包括但不限于建设手续、土地使用权、规划许可等。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 厂房建设手续的合法性：

   • 如果厂房在建设时已按照相关法律法规办理了所有必要的手续，如取得建设工程规划许可证、施工许可证等，并且这些手续在后续过程中一直有效，那么厂房的存在就是合法的，无论其存在时间多久。
   • 如果厂房在建设时未办理相关手续或手续存在瑕疵，那么其合法性就会受到质疑。对于这种情况，需要根据具体法律法规和当地政策来判断厂房是否可以继续存在或需要采取何种措施进行整改。

2. 土地使用权的合法性：

   • 厂房的合法性还与其所占用的土地使用权密切相关。如果厂房所占用的土地是通过合法途径取得，并且土地使用权在有效期内，那么厂房的存在就是合法的。
   • 如果土地使用权存在争议或已过期，那么厂房的合法性就会受到影响。对于这种情况，需要解决土地使用权的问题，可能包括重新办理土地使用权证、与土地所有者协商续期等。

3. 规划许可的合法性：

   • 厂房的建设必须符合当地的城乡规划要求。如果厂房在建设时已取得规划许可，并且一直按照规划要求进行使用和维护，那么其合法性就是有保障的。
   • 如果厂房违反了规划许可的要求，如擅自改变用途、扩建等，那么其合法性就会受到挑战。对于这种情况，需要根据规划许可的要求进行整改或申请变更规划许可。

4. 处理建议：

   • 对于已经存在超过三年的厂房，首先应进行全面的合法性审查，包括建设手续、土地使用权、规划许可等方面。
   • 如果发现厂房存在合法性问题，应根据具体情况采取相应的整改措施，如补办手续、申请变更规划许可等。
   • 如果厂房的合法性无法得到保障，且整改成本过高或无法整改，那么可能需要考虑拆除或搬迁等方案。

综上所述，厂房的合法性并非单纯由其存在时间决定，而是与多个因素相关。对于已经存在超过三年的厂房，应进行全面的合法性审查，并根据具体情况采取相应的处理措施。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。