自建房出租办厂房是否合法，主要取决于房屋的性质、土地用途规划以及是否办理了相关审批手续。以下是对此问题的详细分析：

1. 房屋性质与土地用途：

   • 若自建房位于工业用地或建筑用地，且房屋结构、安全等方面符合厂房使用要求，那么出租用于办厂房一般是合法的。
   • 若自建房位于农用地或其他非建设用地，未经法定程序转为建设用地并办理相关手续，擅自出租用于办厂房则属于违法行为。

2. 审批手续：

   • 出租自建房用于办厂房，通常需要办理建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证等相关审批手续。
   • 若未按照规定办理相关审批手续就擅自出租用于办厂房，相关部门有权责令停止建设、限期改正，并可能面临罚款等行政处罚。

3. 特殊情况：

   • 对于农村自建房，若原本用于村民居住，后未经依法批准擅自改为厂房出租，即改变了土地的原有用途，这也违反了《土地管理法》的相关规定。
   • 若厂房的生产经营活动产生噪音、废气、废水等污染，或存在消防隐患，或建筑结构不满足生产安全要求，还可能违反《环境保护法》、《消防法》和安全生产相关法规。

综上所述，自建房出租办厂房的合法性需要综合考虑多个因素。在决定出租前，建议咨询当地相关部门或专业律师，以确保用地行为的合法合规性，并办理好相关审批手续，避免法律风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。