自建房出租给别人做小工厂是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若自建房符合规划与安全标准：

   • 根据相关法律法规，如果自建房的建设符合当地的城乡规划，且房屋结构、消防设施等满足安全标准，那么将自建房出租给他人作为小工厂使用，在办理了相关工商、税务等手续后，通常是合法的。但这里需要注意的是，即使房屋本身合法，出租作为工厂使用还可能涉及到环保、消防等更多方面的审批和监管。例如，某些行业可能对生产环境有特殊要求，如噪音、排放等，必须确保工厂运营不会对周边环境造成不良影响。

2. 若自建房不符合规划或存在安全隐患：

   • 如果自建房本身是违法建筑，或者存在结构安全、消防安全等方面的隐患，那么将其出租给他人作为工厂使用就是违法的。这种情况下，不仅出租方可能面临法律责任，承租方也可能因使用不合规场所而受到处罚。此外，如果工厂运营过程中发生了安全事故，出租方和承租方都可能承担相应的法律责任。

3. 特定区域或行业的限制：

   • 还需要考虑的是，某些地区可能对自建房的使用有特定限制，比如禁止在居民区内设立工厂。或者，某些行业可能对生产场所的选址有严格要求，如食品加工行业必须选择符合卫生标准的场所。因此，在出租自建房作为工厂前，必须详细了解并遵守这些规定。

法律建议：

• 在决定出租自建房作为工厂前，建议先咨询当地规划、建设、消防、环保等部门，了解相关法规和政策要求。
• 确保房屋符合所有安全标准，并办理好所有必要的审批和登记手续。
• 与承租方签订详细的租赁合同，明确双方的权利和义务，特别是关于安全、环保等方面的责任划分。

可能后果：

• 如果未经批准擅自将自建房出租作为工厂使用，可能面临罚款、责令停产停业等行政处罚。
• 如果工厂运营过程中发生安全事故或造成环境污染等后果，出租方和承租方都可能承担刑事责任或民事赔偿责任。

因此，在出租自建房作为工厂前，务必谨慎行事，确保所有手续合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。