结论：自建房2楼用于工厂生产，4楼用于出租，是否合法需根据具体情况判断，主要涉及房屋用途规划、消防安全、环保要求及租赁合同合法性等多个方面。以下从不同角度详细分析：

一、房屋用途规划角度

1. 规划用途：首先，需要确认该自建房在规划时的用途。如果规划用途为住宅，那么将其部分楼层用于工厂生产可能违反了规划用途，属于违规建设或改变房屋用途。这种情况下，无论是2楼作为工厂还是4楼作为出租房，都可能面临相关部门的处罚或整改要求。

2. 规划变更：如果确实需要将房屋部分楼层用于工厂生产，应向相关部门申请变更规划用途，并获得批准。未经批准擅自改变房屋用途是违法的。

二、消防安全角度

1. 工厂生产要求：工厂生产通常涉及较多的机械设备、原材料和成品，对消防安全有较高要求。如果2楼作为工厂生产区域，必须确保符合消防安全标准，如设置足够的消防通道、配备消防设施等。

2. 出租房要求：4楼作为出租房，同样需要满足消防安全要求。出租房应确保疏散通道畅通、消防设施完好有效等，以保障租客的生命财产安全。

三、环保要求角度

1. 工厂生产污染：工厂生产可能产生噪音、废气、废水等污染物，对周边环境造成影响。如果2楼作为工厂生产区域，必须确保符合环保要求，采取有效措施减少污染排放。

2. 出租房环境：4楼作为出租房，应确保居住环境良好，不受工厂生产污染的影响。如果工厂生产产生的污染物对出租房环境造成严重影响，租客有权要求停止侵害或解除租赁合同。

四、租赁合同合法性角度

1. 合同内容：如果4楼用于出租，必须签订合法的租赁合同。合同内容应明确租赁期限、租金、押金、维修责任等条款，以保障双方权益。

2. 合同备案：根据相关规定，租赁合同可能需要向相关部门备案。未备案的租赁合同可能在法律上存在一定的风险。

五、综合建议

1. 咨询相关部门：在决定将自建房2楼用于工厂生产、4楼用于出租前，建议先咨询当地规划、消防、环保等部门，了解相关法律法规和政策要求，确保合法合规。

2. 完善手续：如果符合相关要求，应尽快办理规划变更、消防安全验收、环保审批等手续，确保房屋用途合法、消防安全达标、环保要求满足。

3. 签订合法合同：在出租4楼时，应签订合法的租赁合同，并明确双方的权利和义务。如有需要，可以请专业律师协助起草或审查合同内容。

4. 关注租客权益：在出租过程中，应关注租客的权益保障，如提供安全的居住环境、及时维修房屋设施等。如因工厂生产对租客造成影响，应及时采取措施予以解决。

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