结论：租用厂房二楼从事商业经营是否违反《土地管理法》，主要取决于厂房所在土地的性质、规划用途以及租赁合同的具体内容。以下从不同角度进行分析：

一、土地性质与规划用途

1. 工业用地：

   • 如果厂房位于工业用地上，且该土地的规划用途明确为工业生产或仓储等，那么在此类土地上从事商业经营（如办公、销售等）可能违反土地规划用途。根据《土地管理法》的相关规定，土地使用者应当按照土地利用总体规划确定的用途使用土地，不得擅自改变土地用途。
   • 法律后果：若未经批准擅自改变土地用途，可能面临行政处罚，包括责令限期改正、没收违法所得、罚款等。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。

2. 商业用地或综合用地：

   • 如果厂房位于商业用地或综合用地上，且该土地的规划用途允许商业经营，那么租用厂房二楼从事商业经营通常是合法的。
   • 法律建议：在租赁前，应仔细核查土地使用证、规划许可证等文件，确保土地用途与租赁目的相符。

二、租赁合同内容

1. 合同条款：

   • 租赁合同中应明确约定租赁物的用途、租赁期限、租金及支付方式等条款。如果合同中明确禁止将租赁物用于商业经营，而承租人却擅自改变用途，那么承租人将构成违约。
   • 法律后果：出租人有权要求承租人恢复原状、赔偿损失，甚至解除租赁合同。

2. 合同效力：

   • 如果租赁合同本身因违反法律、行政法规的强制性规定而无效（如租赁违法建筑），那么承租人不仅无法获得合法的经营场所，还可能面临因合同无效而产生的法律责任。
   • 法律建议：在签订租赁合同前，应确保租赁物具有合法的产权证明和规划许可，避免租赁违法建筑或擅自改变土地用途的房屋。

三、实际操作建议

1. 核查土地与房屋证件：

   • 在租赁前，应要求出租人提供土地使用证、房屋所有权证、规划许可证等文件，仔细核查土地性质、规划用途以及房屋结构等信息。

2. 咨询相关部门：

   • 如果对土地性质或规划用途存在疑问，可以咨询当地自然资源主管部门或规划部门，以获取准确的信息和指导。

3. 明确租赁用途：

   • 在租赁合同中明确约定租赁物的用途，并确保该用途与土地规划用途相符。如果需要改变用途，应事先征得出租人同意，并办理相关审批手续。

4. 关注政策变化：

   • 土地政策和规划用途可能会随着时间和政策的变化而调整。因此，在租赁期间应关注相关政策变化，及时调整经营策略以避免法律风险。

总结：租用厂房二楼从事商业经营是否违反《土地管理法》取决于多个因素，包括土地性质、规划用途以及租赁合同的具体内容。在租赁前，应仔细核查相关证件和文件，确保租赁行为的合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。