结论：保洁工作十三个小时，工资五千五是否扣税合法，需结合具体工资构成及个税计算规则来判断。以下从多个角度进行分析：

一、个税起征点与税率

根据现行的个人所得税法，工资、薪金所得的个人所得税起征点为每月5000元。这意味着，如果月工资收入不超过5000元，是不需要缴纳个人所得税的。然而，这里的5000元是指应发工资中扣除社保、公积金等个人承担部分之前的金额，且需考虑是否有其他专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等）。

1. 若五千五为应发工资且无其他扣除：

   • 在此情况下，由于应发工资超过了5000元的起征点，理论上需要缴纳个人所得税。但具体税额还需根据税率表计算，且可能因专项附加扣除等因素而有所减少。

2. 若五千五为实发工资或存在大量扣除：

   • 如果五千五是扣除社保、公积金等个人承担部分以及可能的专项附加扣除后的实发工资，那么原始应发工资可能并未超过起征点，或者超过的金额很少，导致实际缴纳的税额很少或为零。

二、加班工资与个税计算

保洁工作十三个小时，如果其中包含了加班时间，那么加班工资也应计入应发工资中，并作为个税计算的依据。加班工资的计算通常根据劳动合同或公司规章制度来确定，一般按照正常工资的一定比例（如1.5倍、2倍或3倍）来支付。

1. 加班工资计入应发工资：

   • 如果保洁的十三个小时中有加班时间，且加班工资已计入应发工资，那么应发工资可能会超过5000元，从而需要缴纳个人所得税。

2. 加班工资的计算与个税：

   • 加班工资的计算需遵循相关法律法规，确保加班时间的合理性和加班工资的准确性。在计算个税时，加班工资应与其他工资收入一并计入应发工资总额。

三、个税计算的具体方法

个人所得税的计算采用超额累进税率制，即根据应纳税所得额的不同区间适用不同的税率。具体计算公式为：

\(应纳税额 = 应纳税所得额 \times 适用税率 - 速算扣除数\)

其中，

\(应纳税所得额 = 应发工资 - 社保、公积金等个人承担部分 - 专项附加扣除 - 起征点（5000元）\)

示例计算：

假设保洁的应发工资为5500元，社保、公积金等个人承担部分为500元，无专项附加扣除，则：

\(应纳税所得额 = 5500 - 500 - 5000 = 0\)（元）

由于应纳税所得额为0，因此不需要缴纳个人所得税。

但如果应发工资更高，或者社保、公积金等个人承担部分较少，导致应纳税所得额为正，则需要根据税率表计算应缴纳的税额。

四、合法性判断与建议

1. 合法性判断：

   • 保洁工作十三个小时，工资五千五是否扣税合法，需根据上述个税计算规则来判断。如果应发工资超过了起征点，且没有足够的专项附加扣除来抵减，那么缴纳个人所得税是合法的。

2. 建议：

   • 对于保洁员来说，应了解自己的工资构成和个税计算方式，确保自己的权益不受侵害。
   • 如果对个税计算有疑问或认为存在不合理的扣税情况，可以向公司财务部门或当地税务机关咨询或投诉。

总结：保洁工作十三个小时，工资五千五是否扣税合法，需结合具体工资构成、个税起征点、税率以及加班工资等因素来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。