结论前置：单位扣除保安工作12小时中的0.5小时是否合法，需结合具体工时制度及扣除原因来判断。以下分情况详细说明：

一、标准工时制下的情况

1. 法定工作时间：

   • 根据《劳动法》规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。若保安岗位采用标准工时制，每天工作12小时显然超出了法定工作时间。

2. 扣除时间的合法性：

   • 在标准工时制下，单位无权随意扣除劳动者的工作时间。若扣除的0.5小时是出于合理且合法的理由（如劳动者迟到、早退或违反单位规章制度等），且扣除后劳动者实际工作时间仍不超过法定标准，那么这种扣除可能是合法的。但在此案例中，即使扣除0.5小时，保安的实际工作时间仍远超8小时，因此这种扣除行为本身并不改变其超时工作的违法性。

二、特殊工时制下的情况

1. 不定时工作制和综合计算工时工作制：

   • 某些企业因生产经营特点，可申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经劳动行政部门审批。若保安岗位经审批实行这些特殊工时制，且在计算周期内平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准基本相同，则可能合法。

2. 扣除时间的合法性：

   • 在特殊工时制下，扣除时间是否合法同样取决于扣除的原因和方式。若扣除的0.5小时是出于合理且合法的理由，并且扣除后劳动者的总工时（在计算周期内）未超出法定标准，那么这种扣除可能是合法的。但若扣除后劳动者的总工时仍超出法定标准，或者扣除的原因不合法（如单位随意扣除以规避支付加班工资的责任），则这种扣除行为是违法的。

三、加班及报酬规定

• 无论采用何种工时制，若用人单位安排保安延长工作时间，都应依法支付加班工资。具体标准如下：

  • 延长工作时间（即加点）的，支付不低于工资的150%的工资报酬。
  • 休息日安排工作的，又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。
  • 法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。

• 若单位未按规定支付加班工资，即使采用了特殊工时制，每天上班（包括扣除后）超过法定工作时间的行为也是不合法的。

四、劳动者权益保护建议

• 保安如认为用人单位的工时安排和加班报酬支付不合理、不合法，有权与用人单位协商。
• 协商不成时，保安可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，应提供相关证据（如工作记录、工资单等）以支持自己的主张。

总结：单位扣除保安工作12小时中的0.5小时是否合法，需结合具体工时制度及扣除原因来判断。在大多数情况下，若保安每天工作（包括扣除后）超过法定工作时间，且单位未依法支付加班工资，则这种行为是违法的。保安有权维护自己的合法权益，包括通过协商、投诉或申请仲裁等方式来解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。