结论：与总公司签订劳动合同并由总公司发放工资，若仅告分公司，仲裁是否会被驳回需视具体情况而定，但存在被驳回的可能性。以下从不同角度进行分析：

一、仲裁管辖与主体资格

1. 劳动合同签订主体与工资发放主体：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在此情况下，您与总公司签订了劳动合同，且工资由总公司发放，这表明您与总公司之间建立了劳动关系。

2. 仲裁管辖原则：

   • 劳动争议仲裁通常遵循“谁用工、谁负责”的原则，即劳动争议应由与劳动者建立劳动关系的用人单位所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
   • 若您仅告分公司，而分公司并非劳动合同的签订方或工资发放方，那么分公司可能不具备作为仲裁被申请人的主体资格。

二、可能的情况分析

1. 分公司独立承担民事责任：

   • 如果分公司具有独立的营业执照，且能够独立承担民事责任，同时您实际上是在分公司工作，那么在某些情况下，分公司可能被视为实际用人单位。但即便如此，由于劳动合同是与总公司签订的，这一认定也可能存在争议。
   • 在此情况下，若您仅告分公司，仲裁机构可能会要求您提供证据证明分公司是实际用人单位，或者建议您将总公司一并列为被申请人。

2. 分公司不独立承担民事责任：

   • 如果分公司不具有独立承担民事责任的能力，那么其民事责任应由总公司承担。在此情况下，您仅告分公司显然是不合适的，因为分公司无法独立承担您可能主张的权益。
   • 仲裁机构很可能会以分公司不具备主体资格为由驳回您的仲裁申请，或者建议您将总公司列为被申请人。

三、法律建议

1. 明确用人单位：

   • 在提起仲裁前，您应首先明确与您建立劳动关系的用人单位是总公司还是分公司，或者两者是否均涉及。
   • 这可以通过查阅劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等证据来确定。

2. 合理选择被申请人：

   • 根据查明的事实，合理选择被申请人。如果与您建立劳动关系的是总公司，且分公司不独立承担民事责任，那么您应将总公司列为被申请人。
   • 如果分公司是实际用人单位，且能够独立承担民事责任，那么您可以考虑将分公司列为被申请人，但最好同时将总公司列为共同被申请人，以增加胜诉的保障。

3. 咨询专业律师：

   • 劳动纠纷涉及复杂的法律关系和证据规则，建议您在提起仲裁前咨询专业律师，以便更准确地判断用人单位、选择被申请人，并准备充分的证据来支持您的主张。

最后，若您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。