关于“分公司签订的协议，仲裁是否可以只列总公司”这一问题，以下是我的详细解答：

结论：分公司签订的协议，在仲裁时并非只能列总公司为仲裁对象，而是需根据具体情况综合判断。

分析说明：

1. 分公司的法律地位：

   • 分公司作为总公司的分支机构，虽不具有法人资格，但在总公司的授权范围内，可以以自己的名义从事民事活动，并独立承担由此产生的民事责任（在其经营管理的财产范围内）。
   • 若分公司拥有独立财产，并能独立承担民事责任，且纠纷基于其自身经营活动产生，则分公司可作为独立的仲裁主体。

2. 合同内容与仲裁条款的影响：

   • 合同中若明确约定了仲裁条款，并指定了具体的仲裁对象，则应按照合同约定执行。
   • 若合同未明确约定仲裁条款或约定不明确，则需结合分公司的法律地位和纠纷性质来确定仲裁对象。

3. 实际操作中的考量：

   • 在与分公司签订合同前，应充分了解其法律地位和财务状况，以评估其独立承担民事责任的能力。
   • 发生纠纷时，若分公司具备独立承担民事责任的能力，且纠纷与其自身经营活动相关，则可考虑单独将分公司列为仲裁对象。
   • 若分公司不具备独立承担民事责任的能力，或纠纷涉及总公司层面，则需将总公司或总公司与分公司共同列为仲裁对象。

综上所述，分公司签订的协议，在仲裁时是否只列总公司为仲裁对象，需根据分公司的法律地位、合同具体条款以及纠纷性质来综合判断。若您在具体操作中遇到此类问题，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。作为陈晓辉律师，我专注于公司事务和股权转让领域，如有相关法律问题，欢迎随时向我提问。