在与分公司签订合同并发生纠纷时，一般情况下不能直接仲裁总公司，但在特定情形下，可以仲裁总公司。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情形：不能仲裁总公司
- 分公司具有独立签约和担责能力：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，法人可以依法设立分支机构，分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。这意味着，当分公司依法登记并领取营业执照后，具有相对独立的民事主体资格，可独立订立合同。此时，合同的相对方是分公司，与总公司无直接合同关系。因此，若发生合同纠纷，通常应先以分公司为被申请人申请仲裁，不能直接仲裁总公司。
二、特殊情形：可以仲裁总公司
分公司管理财产不足以承担责任：
- 同样依据《民法典》第七十四条，当分公司的财产不足以清偿债务时，总公司需承担补充责任。在仲裁过程中，若证据显示分公司财产无法完全承担合同责任，可依法追加总公司为被申请人，要求总公司承担剩余的清偿责任。
总公司有明确授权或实际参与：
- 若总公司对分公司的签约行为有明确授权，或实际参与了合同的订立、履行等，则总公司也被视为合同的实际主体。例如，总公司法定代表人直接参与合同谈判并签字，或下达具体签约指令等。在此情况下，可将总公司列为被申请人进行仲裁。
公司法视角下的责任承担：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。此条款进一步明确了分公司与总公司之间的法律关系。分公司作为总公司的下属分支机构，不独立承担民事责任，其所有民事责任最终均由总公司承担。因此，在合同纠纷中，若分公司无法独立承担责任，总公司自然成为责任承担的主体，从而可以成为仲裁的对象。
三、实际操作中的注意事项
- 在与分公司签订合同时，应仔细审查其营业执照及授权情况，确保合同的有效性。
- 发生纠纷时，需准确判断分公司与总公司之间的法律责任关系，以便正确选择仲裁对象。
- 若涉及总公司责任，应充分收集相关证据，以证明总公司对分公司的授权或实际参与情况。
总结：与分公司签合同后能否仲裁总公司，需根据具体情况而定。在一般情形下，应先以分公司为仲裁对象；但在特殊情形下，如分公司财产不足或总公司有明确授权或实际参与时，可依法仲裁总公司。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。