分公司签订仲裁协议，只仲裁总公司是合适的，但具体效力需视情况而定。以下是详细分析：

1. 分公司无法独立承担法律责任：

   • 分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，在签订仲裁协议时，通常以总公司的名义进行，或者确保总公司对分公司的行为承担法律责任。

2. 仲裁协议的有效性：

   • 若分公司具有签订仲裁协议的授权，且在授权范围内签订仲裁协议，该协议通常对总公司有效。因为在此情形下，分公司的行为可视为总公司的意思表示，其法律后果由总公司承担。
   • 若分公司无相关授权，但总公司事后予以追认，仲裁协议同样对总公司产生效力。追认方式包括书面声明、实际参与仲裁程序等积极行为。
   • 然而，若分公司既无授权，总公司也未追认，且该仲裁协议的签订明显超越分公司权限，则该仲裁协议对总公司无效。

3. 司法实践中的综合判定：

   • 在司法实践中，法院会综合多方面因素，依据具体案情来判定仲裁协议对总公司是否有效。这包括考虑分公司的授权情况、总公司的追认行为、仲裁协议的具体内容以及双方当事人的真实意思表示等。

4. 实际操作建议：

   • 在与分公司签订仲裁协议时，建议明确约定总公司的法律责任，或者确保总公司对分公司的行为给予明确授权或事后追认。
   • 如遇纠纷，应及时咨询专业律师，根据具体情况评估仲裁协议的效力及可能的法律后果。

综上所述，分公司签订仲裁协议只仲裁总公司是合适的，但具体效力需根据分公司的授权情况、总公司的追认行为以及仲裁协议的具体内容等因素综合判定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。