分公司签订合同仲裁条款起诉总公司是可以的。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，公司可以设立分公司，但分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。因此，分公司对外签的合同，起诉时一般以总公司的名义起诉。
   • 同时，《民事诉讼法》及《民诉意见》也规定，依法设立的分公司是“法人依法设立并领取营业执照的分支机构”，可以作为其他组织成为民事诉讼的当事人，具有诉讼资格。但在实际诉讼中，若分公司的财产不足以承担相应责任，总公司需承担补充责任，因此可以将总公司列为共同被告。

2. 实践操作：

   • 在合同纠纷中，如果与分公司签订的合同包含了仲裁条款，并且发生了争议，债权人可以选择以分公司为被申请人进行仲裁，也可以将总公司列为共同被申请人，要求总公司与分公司共同承担责任。
   • 仲裁机构在受理此类案件时，会根据合同的具体内容、双方当事人的约定以及相关法律法规来作出裁决。

3. 注意事项：

   • 在起诉或申请仲裁前，建议债权人先与分公司进行协商，看是否能够达成和解或调解。
   • 如果决定起诉或申请仲裁，需要准备充分的证据材料，包括合同文本、履行过程中的往来文件、沟通记录等，以支持自己的诉求。

综上所述，分公司签订合同仲裁条款起诉总公司是可以的，但具体操作需要根据实际情况和法律法规来进行。如果你有相关的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。