结论：在您与总公司签订合同但工资由分公司发放的情况下，劳动仲裁时是否将总公司和分公司都列为被申请人，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同签订与工资发放主体不一致的法律关系

   • 法律关系分析：根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在您的情况下，虽然工资由分公司发放，但劳动合同是与总公司签订的，这通常意味着您与总公司之间建立了劳动关系。分公司作为总公司的分支机构，其民事责任一般由总公司承担，但在特定情况下（如分公司具有独立财产和责任能力），分公司也可能承担相应责任。
   • 建议：在劳动仲裁时，您应首先将总公司列为被申请人，因为总公司是劳动合同的签订方。同时，如果分公司具有独立的财产和责任能力，且您认为分公司与您的工资发放等劳动权益有直接关联，您也可以考虑将分公司列为共同被申请人。

2. 劳动仲裁中被申请人的确定原则

   • 原则概述：劳动仲裁中被申请人的确定主要依据劳动合同的签订方和实际用工关系。如果劳动合同是与总公司签订的，且总公司是实际用工单位（即使工资由分公司发放），则总公司应作为被申请人。
   • 特殊情况：如果分公司以自己的名义与您签订了劳动合同（尽管这种情况较少见），或者分公司实际承担了您的用工管理责任（如招聘、解雇、考核等），且您能提供充分证据证明这一点，那么分公司也可能成为劳动仲裁的被申请人。

3. 实际操作中的建议

   • 证据收集：在劳动仲裁前，您应收集所有与劳动关系相关的证据，包括劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等。这些证据将有助于证明您与总公司之间的劳动关系以及分公司在工资发放等方面的角色。
   • 咨询专业律师：由于劳动仲裁涉及复杂的法律关系和证据规则，我建议您在提起劳动仲裁前咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况和证据材料，为您提供更具体的法律建议和仲裁策略。
   • 考虑仲裁结果执行：在决定是否将分公司列为被申请人时，您还应考虑仲裁结果的执行问题。如果分公司具有独立的财产和责任能力，将其列为被申请人可能更有利于仲裁结果的执行。

总结与进一步思考：在您与总公司签订合同但工资由分公司发放的情况下，劳动仲裁时是否将总公司和分公司都列为被申请人需根据具体情况判断。我建议您首先收集所有相关证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何进一步的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。