在承包人起诉主张工程款而拒不提交工程竣工结算文件，导致工程款无法确定的情况下，一般而言，后果可能由承包人承担。以下从不同角度进行详细分析：
法律背景与规定
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十一条：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，人民法院应予支持。”然而，这一条款的前提是双方有明确的约定，且承包人已经提交了竣工结算文件。若承包人拒不提交，则无法直接适用此条款。
在缺乏明确约定的情况下，如果承包人拒不提交工程竣工结算文件，导致工程款无法确定，这通常被视为承包人未履行其应尽的举证责任。在民事诉讼中，举证责任是当事人对自己提出的主张，有提供证据加以证明的责任。若承包人无法提供充分的证据来支持其工程款的主张，那么其可能面临不利的法律后果。
可能的法律后果
法院可能驳回承包人的诉讼请求：如果承包人无法提供工程竣工结算文件或其他充分证据来证明其应得的工程款数额，法院可能因证据不足而驳回其诉讼请求。
承包人可能需承担举证不能的责任：在民事诉讼中，如果一方当事人无法提供充分证据来支持其主张，那么该方当事人可能需要承担举证不能的责任，即其主张可能不被法院采纳。
影响工程款支付的进度和金额：由于工程款无法确定，发包人可能无法及时支付工程款，或者支付的金额可能与承包人的期望不符。这可能导致双方之间的纠纷进一步加剧。
建议与措施
承包人应积极提交工程竣工结算文件：为了避免不必要的法律纠纷和损失，承包人应在合同约定的期限内或合理期限内积极提交工程竣工结算文件。
双方应明确约定工程款结算方式和期限：在签订建设工程施工合同时，双方应明确约定工程款的结算方式和期限，以及逾期不答复或拒不提交结算文件的法律后果。这有助于减少纠纷的发生和解决纠纷的效率。
寻求专业法律帮助：如果双方在工程款结算问题上存在争议或无法达成一致意见，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、协助谈判或代表当事人进行诉讼等法律服务，以维护当事人的合法权益。
综上所述，承包人起诉主张工程款而拒不提交工程竣工结算文件导致工程款无法确定的后果，一般可能由承包人承担。因此，承包人应积极履行其举证责任，提交充分的证据来支持其工程款的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。