结论前置：公司以员工打扫卫生不干净为由直接扣工资，这一行为通常是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这一问题。
一、法律角度
工资支付保护：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。工资是劳动者提供劳动服务后应得的报酬，其支付受到法律的严格保护。除非符合法定的扣除情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等，否则任何单位或个人均不得擅自扣减。打扫卫生不干净显然不属于这些法定扣除情形之一。
规章制度合法性：
- 若用人单位试图通过内部规章制度来规定此类扣款，该规章制度也必须满足严格的法律要求方能有效。规章制度的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定，且处罚措施要符合公平原则。同时，制定过程需经过民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。最后，规章制度还需向全体劳动者公示，确保其知晓并理解相关规定。如果单位的规章制度未能满足上述条件，那么以此为依据扣减工资同样是违法的。
经济损失赔偿限制：
- 即使员工因卫生问题给公司造成了实际损失，公司也不能直接扣减工资作为赔偿。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
二、实际操作角度
沟通协商：
- 面对公司的不合理扣款行为，员工首先可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司说明扣款的依据，并返还不合理扣除的工资。在沟通过程中，员工可以保留好相关证据，如工资条、考勤记录以及与公司的沟通记录等。
投诉举报：
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令改正违法行为。员工在投诉时，需要提供相关证据以支持自己的主张。
法律途径：
- 员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司的扣款行为是不合法的。
三、建议与提醒
完善规章制度：
- 对于公司而言，如果希望对员工的卫生行为进行管理，应确保规章制度的合法性，并在其中明确员工的卫生管理职责以及相应的奖惩措施。同时，规章制度应经过民主程序制定，并向全体劳动者公示。
加强沟通与培训：
- 公司应通过明确职责、合理沟通等方式来管理员工的卫生行为，而非直接采取扣钱的处罚措施。对于未履行卫生职责的员工，公司可以通过提醒、警告、培训等方式进行沟通和解决。
依法处理纠纷：
- 若因员工卫生问题引发纠纷，公司应依法处理，避免侵犯员工的合法权益。同时，公司也应维护自身的良好形象，避免因不当处理而引发更大的法律风险。
总结：公司以员工打扫卫生不干净为由直接扣工资是不合法的行为。员工在面对此类情况时，应依法维护自己的权益；而公司也应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到充分保障。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。