结论前置：公司因员工宿舍卫生没有打扫干净而扣钱，这一行为大概率是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析。
一、公司罚款权的合法性分析
法律依据缺失：
- 根据《劳动合同法》、《行政许可法》和《行政处罚法》的相关规定，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家权力的行政机关或者法律授权行使行政权力的机构行使。公司作为用人单位，并不具有“罚款权”。因此，公司直接对员工进行罚款，如因宿舍卫生不合格扣除工资，是缺乏法律依据的。
规章制度的有效性：
- 即便公司有相关的规章制度规定了宿舍卫生不达标要扣钱，该规章制度的有效性也需满足一定条件。规章制度的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定，且处罚措施要符合公平原则。同时，制定过程需经过民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。最后，规章制度还需向全体劳动者公示，确保其知晓并理解相关规定。若公司未履行这些程序，或规定本身存在不合理性（如罚款金额过高），则该规定对员工不具有法律约束力。
二、公司宿舍卫生管理的合理方式
明确标准与管理规定：
- 公司应制定明确的宿舍卫生标准和管理规定，并要求员工遵守。这些规定应合理且合法，确保不侵犯员工的合法权益。例如，可以规定每周进行一次大扫除，或者每天保持宿舍整洁等。
合理措施：
- 对于不遵守宿舍卫生规定的员工，公司可以采取合理的非罚款措施，如提醒、警告或进行一定的纪律处分，以促使员工改正行为。这些措施应旨在教育和引导员工，而非单纯地进行惩罚。例如，可以给予口头警告或书面警告，并记录在员工的个人档案中。
三、员工权益保护
合法权益：
- 员工在公司中享有获得劳动报酬、休息休假、劳动安全卫生保护等合法权益。公司应尊重并保护这些权益，不得随意侵犯。工资是劳动者提供劳动服务后应得的报酬，其支付受到法律的严格保护。除非符合法定的扣除情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费或赡养费等，否则任何单位或个人均不得擅自扣减。
维权途径：
- 如果员工认为公司的罚款行为或其他管理措施不合法或不合理，可以向劳动行政部门投诉或申请仲裁。这是员工维护自己合法权益的重要途径。具体来说，员工可以先尝试与公司进行沟通协商，要求公司说明扣款的依据并返还不合理扣除的工资。若协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对用人单位的工资支付情况进行监督检查并责令改正违法行为。此外，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的合理性探讨
虽然一般情况下公司无权因宿舍卫生问题扣除员工工资，但在某些特殊情况下，如宿舍是公司提供给员工的特殊福利，并且在入职时员工明确知晓并同意遵守与宿舍管理相关的特定规定（该规定需合理合法），且该规定符合规章制度有效的条件，那么公司按规定适当扣钱可能具有一定合理性。然而，这种情况较为少见，且仍需谨慎处理以避免侵犯员工权益。例如，如果宿舍是公司提供的免费住宿，且员工在入职时签署了同意遵守宿舍管理规定的协议，其中明确规定了卫生不达标将扣除一定金额的工资作为惩罚，那么在这种情况下，公司扣钱可能具有一定的合理性。但即便如此，扣钱的金额也应合理，且不得影响员工的基本生活。
总结与建议：
公司因员工宿舍卫生没有打扫干净而扣钱，这一行为大概率是不合法的。公司应采取合理合法的方式来维护宿舍卫生环境，并尊重和保护员工的合法权益。员工也应自觉遵守宿舍管理规定，共同维护良好的卫生环境。同时，在遇到不合法行为时，员工应积极维护自己的权益，通过沟通协商、投诉或申请仲裁等途径来解决问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。