结论前置：单位以卫生不干净为由直接扣员工工资，在一般情况下是不合法的，除非有合法有效的规章制度作为依据，并且扣钱行为合理。

一、合法性分析

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也明确规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

2. 规章制度要求：

   • 若单位希望通过内部规章制度来规定因卫生问题扣款，该规章制度必须满足严格的法律要求。具体来说，规章制度的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定，且处罚措施要符合公平原则。
   • 制定过程需经过民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度还需向全体劳动者公示，确保其知晓并理解相关规定。

二、合理性分析

1. 扣钱幅度合理：

   • 即使单位有合法有效的规章制度，扣罚金额也应与员工违反卫生规定的情节相适应。避免因微小问题而扣取大量工资，确保扣罚的公正性。
   • 扣罚后员工工资不得低于当地最低工资标准，且不得严重影响员工的基本生活。

2. 经济损失赔偿的合法性：

   • 若员工因卫生问题给公司造成了实际损失，公司也不能直接扣减工资作为赔偿。正确的做法是通过协商或诉讼的方式来寻求赔偿，且赔偿金额应仅限于弥补实际损失的部分。

三、员工维权途径

1. 沟通协商：

   • 员工首先可与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱的依据和理由，并返还不合理扣除的工资。

2. 举报与仲裁：

   • 若协商无果，员工可向当地的劳动监察部门投诉，由其对用人单位的工资支付情况进行监督检查并责令改正违法行为。
   • 员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。

3. 法律诉讼：

   • 对仲裁结果不满意时，员工可在拿到仲裁书后15天内向法院起诉，通过法律途径来维护自己的权益。

四、实际案例与建议

• 实际案例：假设某公司因员工未打扫干净办公室而扣除了其部分工资，但该公司并未制定关于卫生管理的合法有效规章制度，且扣罚金额过高，导致员工工资低于当地最低工资标准。在此情况下，员工的扣款行为是不合法的，员工有权通过上述维权途径来维护自己的权益。

• 建议：

  • 单位：应制定合法合理的规章制度，明确卫生标准和扣罚措施，并通过民主程序制定和公示。在扣罚员工工资时，应确保扣罚幅度合理，不得影响员工的基本生活。
  • 员工：在面对不合法的扣款行为时，应积极与公司沟通协商，并保留好相关证据材料。若协商无果，可通过举报、仲裁或法律诉讼等途径来维护自己的权益。

综上所述，单位以卫生不干净为由直接扣员工工资在一般情况下是不合法的。员工在面对此类情况时，应了解自己的权利，并积极通过合法途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。