单位以员工不打扫卫生为由直接扣工资，这一行为是否合法需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法情形
有合法有效的规章制度：
- 若单位制定了合法有效的规章制度，明确规定了员工不打扫卫生属于违反劳动纪律的行为，并设定了合理的扣钱标准，同时该规章制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），且已向全体劳动者公示或告知，那么在员工确实未履行卫生职责的情况下，单位有权按照规章制度进行适当扣钱。
- 示例：公司规章制度明确规定员工轮流值日负责办公区域卫生，若未完成扫地任务，将扣除一定金额的工资，且该金额符合相关法律法规对扣减工资比例的限制（如每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。
员工行为造成经济损失：
- 若员工因不打扫卫生等行为给单位造成了实际经济损失，且单位能够证明该损失与员工行为之间的直接因果关系，那么单位可以依法要求员工赔偿。但赔偿方式应符合法律法规规定，如通过协商或诉讼方式确定赔偿金额，且赔偿数额应仅限于弥补实际损失的部分，不得直接从工资中扣除作为惩罚。
二、违法情形
无规章制度依据或规章制度不合法：
- 若单位没有明确的规章制度规定员工不打扫卫生需扣钱，或该规章制度在制定过程中未遵循民主程序，则该规章制度对员工不具有法律约束力。在此情况下，单位擅自扣钱属于违法行为。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者的权利与义务。若规章制度制定程序不合规，则对员工无法律约束力。
扣钱幅度不合理：
- 即便单位有合法有效的规章制度规定了扣钱事项，但扣钱的数额若明显过高，超出了合理限度，损害了劳动者的合法权益，同样可能被认定为违法。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者原因给用人单位造成经济损失的，赔偿可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、劳动者应对措施
查看并评估规章制度：
- 劳动者应仔细查阅单位的规章制度或员工手册，了解是否有关于清洁义务及扣钱的相关规定，并评估该规定的合法性，包括其制定程序是否合规、扣钱幅度是否合理等。
沟通协商：
- 若认为单位扣钱行为不当，劳动者可首先与单位进行沟通协商，尝试解决问题。在沟通过程中，劳动者可以明确表达自己的观点和诉求，并要求单位提供扣钱的合法依据。
法律途径维权：
- 若沟通无果，劳动者可考虑向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。在投诉或寻求法律援助时，劳动者应提供相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及与单位关于扣款问题的沟通记录等。
总结来说，单位以员工不打扫卫生为由直接扣工资是否合法，需根据单位的规章制度、扣钱行为的合理性以及相关法律法规进行综合判断。作为劳动者，在面对此类问题时，应了解自己的权利和义务，并采取适当的措施进行应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。