结论前置：公司以卫生不合格为由进行罚款或扣钱的合理性，需根据具体情况判断，关键在于公司是否具备合法依据、规章制度是否有效以及罚款或扣钱措施是否合理。
详细分析：
一、不合理的情况
法律层面缺乏依据：
- 公司作为非行政机关，本质上不具备法律赋予的罚款权力。根据相关法律法规，罚款是行政机关的专属权力，公司自行设定并执行罚款制度可能构成对员工权益的侵犯。
规章制度制定或执行不合法：
- 制定程序不合法：如果公司关于卫生不合格的罚款规定未经职工代表大会或全体职工讨论，也未与工会或职工代表平等协商确定，那么该规定可能不具有合法性。
- 未公示告知：即使规章制度经过民主程序制定，也需向劳动者公示或告知。若公司未以合理方式（如发放员工手册、组织培训等）让员工知晓，该规章制度对员工不发生效力。
罚款或扣钱措施不合理：
- 如果公司设定的罚款或扣钱标准过高，或者没有明确的依据和标准，导致处理措施具有随意性和不公平性，那么这种做法也是不合理的。
二、可能合理的情况
本质为扣减绩效工资：
- 如果公司将卫生情况纳入绩效考核体系，并明确规定了卫生标准及其与绩效工资的关联方式，同时确保考核过程公开、透明、合理，那么因卫生不合格而扣减相应的绩效工资可被视为一种合理的管理手段。但前提是公司在劳动合同或规章制度中有明确的约定，并且遵循公平、公正的原则。
因员工过错导致公司损失的赔偿：
- 如果员工因卫生不合格给公司造成实际损失（如被相关部门处罚、客户投诉导致经济损失等），公司可根据相关法律法规要求员工赔偿经济损失。但赔偿需有限度，每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、法律建议与可能后果
法律建议：
- 公司应确保自身行为的合法性和合规性，在制定和执行相关规章制度时，应遵循法律程序和民主原则，确保员工的知情权和参与权。
- 员工在面对不合理的罚款或扣钱措施时，应积极与公司沟通协商，必要时可寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
可能后果：
- 如果公司未经合法程序制定规章制度或执行不合理的罚款措施，可能面临劳动监察部门的处罚或员工的法律诉讼。
- 员工如果因不合理的罚款或扣钱措施而遭受损失，有权要求公司赔偿并可能获得法律支持。
总结与引导：公司以卫生不合格为由进行罚款或扣钱的合理性取决于多个因素的综合考量。作为员工，如果遇到此类情况，建议先与公司沟通了解具体原因和依据，如果认为不合理，可以积极寻求法律援助或向相关部门投诉。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。