公司以检查卫生为由扣工资是不合法的行为。以下是我从法律角度为你进行的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。工资是劳动者提供劳动服务后应得的报酬，其支付受到法律的严格保护。除非符合法定的扣除情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费或赡养费等，否则任何单位或个人均不得擅自扣减。

2. 公司规章制度的合法性：

   • 若公司试图通过内部规章制度来规定因卫生问题扣款，该规章制度也必须满足严格的法律要求方能有效。规章制度的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定，且处罚措施要符合公平原则；制定过程需经过民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定；最后，规章制度还需向全体劳动者公示，确保其知晓并理解相关规定。如果公司的规章制度未能满足上述条件，那么以此为依据扣减工资同样是违法的。

3. 实际损失与赔偿：

   • 即使员工因卫生问题给公司造成了实际损失，公司也不能直接扣减工资作为赔偿。正确的做法是通过协商或诉讼的方式来寻求赔偿，且赔偿金额应仅限于弥补实际损失的部分。

4. 劳动者的维权途径：

   • 面对此类不合法的扣款行为，劳动者可以采取多种措施来维护自己的权益。首先，可以尝试与用人单位进行协商，要求其说明扣款的依据并返还不合理扣除的工资；若协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对用人单位的工资支付情况进行监督检查并责令改正违法行为；此外，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

5. 证据收集与保存：

   • 在整个维权过程中，劳动者应注意收集并保存好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及与单位关于扣款问题的沟通记录等，以便在必要时证明自己的权益受到了侵害。

综上所述，公司以检查卫生为由扣工资是不合法的行为。如果你遇到了此类情况，建议依法维护自己的权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会为你提供专业的解答和建议。