以检查卫生为由克扣工资是不合法的。

首先，从法律角度来看，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位无权随意克扣。卫生检查作为用人单位的管理手段，其目的应该是为了维护工作环境和员工的健康，而不是作为克扣工资的理由。

其次，如果用人单位以检查卫生为由克扣工资，这可能违反了《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定。根据这些法律，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或拖欠。

最后，对于劳动者来说，如果遭遇用人单位以检查卫生为由克扣工资的情况，可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 与用人单位沟通：首先尝试与用人单位进行沟通，了解克扣工资的具体原因，并要求用人单位给出合理的解释和依据。
2. 向劳动监察部门投诉：如果用人单位无法给出合理的解释或依据，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其对用人单位的违法行为进行调查和处理。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门无法解决问题，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。

总之，以检查卫生为由克扣工资是不合法的，劳动者有权维护自己的合法权益。如果遭遇此类情况，应及时采取措施来维护自己的权益。