结论：单位以卫生不合格为由扣款2000元是否合理，需结合具体情形判断，一般可能存在不合理或违法情形。以下从法律角度分情况说明：

1. 若单位规章制度未明确卫生标准及扣款规则

根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如扣款规定），需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示告知劳动者。若单位未履行上述程序，或规章制度中未明确卫生不合格的具体标准、扣款金额的计算方式，则扣款行为缺乏合法依据，属于违法。

2. 若扣款金额超过法定比例

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若劳动者月工资为10000元，20%即2000元，此时扣款可能合法；但若月工资低于10000元（如5000元），则20%为1000元，扣2000元明显违法。

3. 若“卫生不合格”与劳动者无关

若卫生问题由单位公共区域（如走廊、卫生间）清洁不足导致，或因设备故障（如空调漏水）引发，而非劳动者个人工位卫生问题，则扣款缺乏合理性。劳动者可要求单位提供证据证明卫生问题与个人行为直接相关。

4. 若单位以“罚款”名义变相克扣工资

根据《企业职工奖惩条例》（已废止）及现行劳动法，用人单位无权对劳动者进行罚款（行政机关才可罚款）。若单位以“卫生不合格”为由扣款，实为变相克扣工资，劳动者可主张返还并要求赔偿。

建议行动：

1. 核查单位规章制度：要求单位出示经民主程序制定、公示的卫生管理规定及扣款细则；
   
2. 核对工资条：确认扣款是否超过月工资20%；
   
3. 保留证据：拍照或录像证明卫生问题与个人无关；
   
4. 协商或投诉：与单位协商返还扣款，或向当地劳动监察大队投诉（12333热线）。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对方案。