关于“店铺卫生不合格，公司罚款是否合法”的问题，这需要分情况来讨论，因为涉及到对单位（店铺）的罚款和对员工个人的罚款两种不同情形。
一、对单位（店铺）的罚款
在符合一定条件下，相关部门对卫生不合格的单位（店铺）进行罚款是合法的。这主要基于以下几点：
明确的法律依据：我国有《中华人民共和国食品安全法》、《公共场所卫生管理条例》等一系列法律法规，这些法规明确了各类场所的卫生标准和要求，并赋予了相关部门对卫生不合格单位进行行政处罚，包括罚款的权力。
具备相应权限的执法主体：不同类型的卫生不合格情况，由不同的监管部门负责。例如，市场监督管理部门负责食品生产、流通、餐饮服务等环节的卫生监管；卫生健康行政部门负责公共场所、饮用水卫生等方面的卫生监督。只有这些具有法定职权的部门才能实施罚款处罚。
严格的处罚程序：行政机关对卫生不合格单位进行罚款时，必须遵循法定的处罚程序，包括立案、调查取证、告知与听证、作出处罚决定、执行等步骤，以确保处罚的合法性和公正性。
二、对员工个人的罚款
公司因卫生问题对员工进行罚款，在大多数情况下是不合法的。原因如下：
缺乏法律依据：罚款是一种行政处罚权，只有具备行政处罚权的行政机关或法律授权的组织才有权实施。公司作为民事主体，并不具备这样的权力。因此，公司随意对劳动者进行罚款是违法的。
违背劳动合同关系本质：劳动者与用人单位之间是基于劳动合同建立的平等民事主体关系。用人单位不能未经法定程序和约定，随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者通过劳动获得的报酬，用人单位有义务按照劳动合同约定足额支付。
然而，也存在一些特殊情况，如果公司有依法制定的规章制度且罚款措施合理，或者员工的行为给公司造成了实际经济损失，那么罚款行为可能被视为合法。但这需要满足以下条件：
规章制度明确规定且合理：公司需在依法制定的规章制度中明确规定卫生不达标的具体情形及相应的罚款措施，且该规章制度制定程序合法，罚款金额合理且不影响劳动者基本生活。
造成公司实际损失：若因卫生问题导致公司遭受实际经济损失，如客户投诉、业务受损等，公司可以要求劳动者赔偿损失。但赔偿需遵循一定程序，如先进行损失评估，经劳动者确认后从工资中扣除，且每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、建议
对于单位（店铺）：应严格遵守相关法律法规和卫生标准，确保店铺卫生达标，以避免被相关部门罚款。
对于公司：如果员工违反公司卫生规定，应采取合法手段进行处理，如进行批评教育、依据劳动合同中的约定扣发奖金或其他福利等。在严重情况下，可以依据劳动合同法的相关规定解除劳动合同，而不是随意罚款。
对于员工：应了解自己的权益，并在面对不合法罚款时积极采取措施维护自身权益，如与公司进行沟通协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。
综上所述，店铺卫生不合格时，相关部门对单位进行罚款是合法的；而公司因卫生问题对员工进行罚款则需谨慎行事，确保行为合法合规。