公司以卫生打扫不干净为由进行处罚，其合法性取决于多个因素，不能一概而论。 下面我将从不同角度为你详细分析：
一、公司规章制度的角度
制度制定程序合法：
- 如果公司的卫生管理规章制度是通过民主程序制定的，比如经过了职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，同时该制度也向员工进行了公示，确保员工知晓，那么这样的制度在程序上是合法的。
- 若制度制定程序不合法，如未经民主讨论或未公示，则该制度对员工不具有约束力，公司以此为依据进行处罚是不合法的。
规定明确具体：
- 规章制度中应清晰界定卫生标准，包括办公区域的整洁程度、清扫频率等，并详细说明违反规定的处罚措施，如警告、罚款（但需注意，公司一般无权直接罚款，罚款是行政处罚手段，公司可通过其他方式如扣减奖金、绩效等来替代罚款，且需确保不违反最低工资标准等法律规定）或纪律处分等，确保处罚有据可依。
- 若制度规定模糊不清，员工无法明确知晓卫生标准及违反后的后果，则公司以此为依据进行处罚也是不合法的。
处罚幅度合理：
- 处罚措施应与员工违反卫生规定的情节相适应，避免因微小问题而给予过重的处罚，确保处罚的公正性。
- 若处罚幅度明显不合理，如因一点卫生问题就扣减大量工资或给予严厉的纪律处分，则可能构成违法处罚。
二、法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。工资是劳动者提供劳动服务后应得的报酬，其支付受到法律的严格保护。
- 若公司以卫生打扫不干净为由直接扣减工资，除非符合法定的扣除情形（如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等），否则是不合法的。
罚款权限：
- 罚款是行政处罚手段，公司作为民事主体，一般无权对员工进行罚款。
- 若公司试图通过内部规章制度来规定罚款措施，该措施也必须满足严格的法律要求方能有效，且实际上公司更常通过扣减奖金、绩效等方式来替代罚款。
损失赔偿：
- 若员工因卫生问题给公司造成了实际损失，公司应通过协商或诉讼的方式来寻求赔偿，且赔偿金额应仅限于弥补实际损失的部分。
- 公司不能直接扣减工资作为赔偿，否则可能构成违法克扣工资。
三、员工维权途径
沟通协商：
- 员工首先可与公司进行沟通协商，要求公司说明处罚的依据和理由，并返还不合理扣除的工资或撤销不合理的纪律处分。
举报与仲裁：
- 若协商无果，员工可向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的工资支付情况和规章制度制定程序等进行监督检查，并责令公司改正违法行为。
- 员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司返还不合理扣除的工资或撤销不合理的纪律处分。
法律诉讼：
- 对仲裁结果不满意时，员工可在拿到仲裁书后15天内向法院起诉，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司以卫生打扫不干净为由进行处罚，其合法性取决于公司是否有明确且合法的规章制度作为依据，以及处罚行为是否符合相关法律法规的规定。若缺乏合法依据或违反法律规定，则处罚行为不合理且不合法。
建议员工在面对此类情况时，首先了解公司的规章制度和相关法律法规，然后与公司进行沟通协商。若协商无果，可及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。 同时，员工也应注意收集并保存好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及与单位关于处罚问题的沟通记录等，以便在必要时证明自己的权益受到了侵害。