针对“公司检查卫生不合格罚款是否合法”的问题，这需要根据具体情况来判断，关键在于公司是否具备合法依据、规章制度是否有效以及罚款措施是否合理。以下是对此问题的详细分析：
一、不合理的情况
法律层面缺乏依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政机关的专属权力。公司作为非行政机关，在未经法律特别授权的情况下，不具备罚款的权力。因此，如果公司直接以“罚款”名义对员工进行处罚，这很可能构成对员工权益的侵犯。
规章制度制定或执行不合法：
- 根据《劳动合同法》，涉及劳动者切身利益的规章制度（包括奖惩措施）应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司关于卫生不合格的罚款规定未经此程序制定，或者未向员工公示或告知，则该规定不具有合法性，不能作为罚款的依据。
二、可能合理的情况
本质为扣减绩效工资：
- 如果公司将卫生情况纳入绩效考核体系，并明确规定了卫生标准及其与绩效工资的关联方式，同时确保考核过程公开、透明、合理，那么因卫生不合格而扣减相应的绩效工资可以被视为一种合理的管理手段。但这要求公司在劳动合同或规章制度中有明确的约定，并且遵循公平、公正的原则。
员工过错导致公司损失的赔偿：
- 如果员工因卫生不合格给公司造成了实际损失（如被相关部门处罚、客户投诉导致经济损失等），公司可以要求员工赔偿经济损失。但这种情况下，赔偿应有限度，且需遵循相关法律法规的规定（如每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。
三、综合考虑
在判断公司检查卫生不合格罚款是否合法时，还需综合考虑以下因素：
- 规定的明确性与合理性：公司关于卫生不合格的处理措施应明确、具体，并事先告知员工。罚款或扣减工资应有明确的依据和标准，避免随意性和不公平性。
- 程序的合法性与透明度：公司在制定和执行相关规章制度时，应遵循法律程序和民主原则，确保员工的知情权和参与权。
- 员工权益的保护：在采取任何处理措施时，公司应充分考虑员工的合法权益，确保不违反法律法规和劳动合同的约定。
综上所述，公司以卫生不合格为由进行罚款的合理性取决于多个因素的综合考量。公司应确保自身行为的合法性和合规性，同时尊重和保护员工的合法权益。如果员工认为公司的罚款行为不合法或不合理，可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。