关于公司因打扫卫生不合格而进行罚款是否违法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，我们可以明确一点：公司是否具备罚款的合法性，并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。
一、公司罚款的非法性情况
法律层面缺乏依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，罚款是行政机关的专属权力。公司，作为非行政机关，并不具备法律直接赋予的罚款权力。因此，如果公司未经法律授权，自行设定并执行罚款制度，这本质上是对员工权益的侵犯。
规章制度制定或执行不合法：
- 制定程序不合法：依据《劳动合同法》，涉及劳动者切身利益的规章制度，如罚款规定，应当经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表进行平等协商确定。如果公司关于卫生不合格的罚款规定没有经过这样的民主程序，那么该规定在法律上是不具有合法性的。
- 未公示告知：即使规章制度经过了民主程序制定，公司也还需要以合理的方式（如发放员工手册、组织培训等）向劳动者进行公示或告知。如果公司只是内部讨论通过，而没有让员工知晓，那么该规章制度对员工是不发生法律效力的。
二、公司可能采取的合法管理手段
当然，公司为了维护办公环境的整洁和卫生，确实需要采取一定的管理措施。这些措施在合法且合理的前提下，是可以被接受的：
本质为扣减绩效工资：
- 如果公司将卫生情况纳入绩效考核体系，并且明确规定了卫生标准及其与绩效工资的关联方式，同时确保考核过程公开、透明、合理，那么因卫生不合格而扣减相应的绩效工资，可以被视为一种合理的管理手段。但前提是，公司必须在劳动合同或规章制度中有明确的约定，并且遵循公平、公正的原则。
因员工过错导致公司损失的赔偿：
- 如果员工因卫生不合格给公司造成了实际损失，比如被相关部门处罚、客户投诉导致经济损失等，公司可以根据《工资支付暂行规定》的相关条款，要求员工赔偿经济损失。但赔偿必须有限度，每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、综合考虑与建议
- 规定的明确性与合理性：公司在制定关于卫生不合格的处理措施时，应确保规定明确、具体，并事先告知员工。罚款或扣减工资应有明确的依据和标准，避免随意性和不公平性。
- 程序的合法性与透明度：公司在制定和执行相关规章制度时，应遵循法律程序和民主原则，确保员工的知情权和参与权。
- 员工权益的保护：在采取任何处理措施时，公司应充分考虑员工的合法权益，确保不违反法律法规和劳动合同的约定。
总结来说，公司因打扫卫生不合格而进行罚款，并不一定违法，但必须满足一定的条件：规章制度合法、程序正当、告知明确，并且罚款或扣减工资的措施合理且有限度。如果公司无法满足这些条件，那么其罚款行为就可能构成违法。因此，建议公司在采取此类措施时，务必谨慎行事，确保自身行为的合法性和合规性。