公司因卫生问题被罚款是否违法，需分情况讨论，关键在于罚款主体和程序是否合法。具体分析如下：

1. 若罚款主体为行政机关（如卫生健康委员会、市场监督管理局等）
   根据《行政处罚法》及相关卫生法规（如《公共场所卫生管理条例》），行政机关有权对违反卫生规定的公司进行罚款，但需满足以下条件：

   • 程序合法：需经过立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等法定程序；
     
   • 依据充分：罚款需有明确的法律依据（如未取得卫生许可证、卫生不达标等），且罚款金额需在法定幅度内；
     
   • 主体适格：罚款必须由有管辖权的行政机关作出。
     若符合上述条件，罚款合法；反之则违法，公司可申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 若罚款主体为公司内部（如上级对下级、管理层对员工）

   • 公司无权直接对员工罚款：根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，公司仅能通过绩效考核、扣减奖金等方式间接管理，但不得以“罚款”名义克扣工资。若公司以卫生问题为由罚款，属于违法行为，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 例外情形：若公司规章制度明确规定卫生责任及赔偿条款（如员工故意损坏卫生设施需赔偿），且该制度经民主程序制定并公示，则可能被认定为合法，但需注意赔偿金额需合理，不得变相成为罚款。

3. 若罚款主体为第三方（如物业、行业协会等）

   • 第三方通常无行政处罚权，若其以卫生问题为由罚款，属于违法行为，公司可拒绝支付并保留追究其责任的权利。
     
   • 例外情形：若公司自愿接受第三方管理（如加入行业协会并签署自律公约），且公约中明确约定了罚款条款，则可能需按约定履行，但需审查公约的合法性及公司意思表示的真实性。

建议：

• 若公司被行政机关罚款，先核实处罚决定书是否载明违法事实、法律依据及救济途径，如有异议及时申请复议或诉讼；
  
• 若公司内部被罚款，可要求公司出示规章制度依据，并核对是否符合民主程序及公示要求；
  
• 遇到第三方罚款，直接拒绝并保留证据，必要时通过法律途径维权。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。