关于“单位卫生不合格罚款是否合法”的问题，这实际上涉及两个层面的单位：一是作为被监管对象的单位（如企业、餐饮店等），二是作为管理者的公司对其内部员工或部门因卫生问题进行的罚款。我将分别就这两个层面进行详细解答。
一、作为被监管对象的单位卫生不合格被罚款的合法性
在符合一定条件下，相关部门对卫生不合格的单位进行罚款是合法的。这主要基于以下几点：
明确的法律依据：
- 我国有《中华人民共和国食品安全法》、《公共场所卫生管理条例》等一系列法律法规，明确了各类场所的卫生标准和要求，并赋予相关部门对卫生不合格单位进行行政处罚，包括罚款的权力。
具备相应权限的执法主体：
- 不同类型的卫生不合格情况，由不同的监管部门负责。如市场监督管理部门负责食品生产、流通、餐饮服务等环节的卫生监管；卫生健康行政部门负责公共场所、饮用水卫生等方面的卫生监督。
严格的处罚程序：
- 行政机关对卫生不合格单位进行罚款时，必须遵循法定的处罚程序，包括立案、调查取证、告知与听证、作出处罚决定、执行等步骤，以确保处罚的合法性和公正性。
二、公司因内部卫生问题对员工或部门罚款的合法性
公司因卫生问题对员工进行罚款，在大多数情况下是不合法的。然而，也存在一些特殊情况可能被视为合法：
通常不合法的原因：
- 缺乏法律依据：罚款是一种行政处罚权，只有具备行政处罚权的行政机关或法律授权的组织才有权实施。公司作为民事主体，并不具备这样的权力。
- 违背劳动合同关系本质：劳动者与用人单位之间是基于劳动合同建立的平等民事主体关系。用人单位不能未经法定程序和约定，随意扣除劳动者的工资。
可能合法的特殊情况：
- 规章制度明确规定且合理：如果公司在依法制定的规章制度中明确规定了卫生不达标的具体情形及相应的罚款措施，并且该规章制度制定程序合法，罚款金额合理且不影响劳动者基本生活，那么公司依据此规章制度进行的罚款可能被认定有效。
- 造成公司实际损失：若因卫生问题导致公司遭受实际经济损失，如客户投诉、业务受损等，公司可以要求劳动者赔偿损失。但赔偿需遵循一定程序，如先进行损失评估，经劳动者确认后从工资中扣除，且扣除部分需符合相关法律法规的规定。
三、建议与总结
- 对于被监管对象单位：应严格遵守相关法律法规和卫生标准，确保单位卫生合格，以避免不必要的罚款和法律风险。
- 对于公司：在管理内部卫生问题时，应采取合法手段进行处理，如批评教育、扣发奖金或其他福利等，而非随意罚款。如需制定相关规章制度，应确保程序合法、内容合理，并充分告知员工。
- 对于员工：应了解自己的权益，并在面对不合法罚款时积极采取措施维护自身权益，如与公司沟通协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
综上所述，单位卫生不合格被罚款的合法性取决于具体情况和法律法规的规定。无论是作为被监管对象的单位还是作为管理者的公司，都应依法行事，确保行为的合法性和合规性。