针对您提出的“卫生不合格怎么处罚员工”的问题，这确实是一个涉及公司管理、法律法规以及员工权益保护的重要议题。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：
一、公司罚款的合法性基础
首先，需要明确的是，公司作为非行政机关，本质上不具备法律赋予的罚款权力。根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政机关的专属权力。因此，公司自行设定并执行罚款制度，在严格法律意义上讲，是对员工权益的侵犯，除非该制度有明确的法律依据或合同约定。
二、卫生不合格的合理处理方式
纳入绩效考核体系：
- 公司可以将卫生情况作为绩效考核的一部分，明确卫生标准及其与绩效工资的关联方式。
- 确保考核过程公开、透明、合理，避免主观性和随意性。
- 若员工卫生不合格，可根据绩效考核结果扣减相应的绩效工资，而非直接罚款。
因员工过错导致公司损失的赔偿：
- 若员工因卫生不合格给公司造成实际损失（如被相关部门处罚、客户投诉导致经济损失等），公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条要求员工赔偿。
- 赔偿需有限度，每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、公司规章制度制定的合法性要求
民主程序制定：
- 涉及劳动者切身利益的规章制度，如卫生不合格的处理措施，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 未经民主程序制定的规章制度，不具有合法性，对员工不发生效力。
公示告知义务：
- 规章制度制定后，公司需以合理方式（如发放员工手册、组织培训等）向劳动者公示或告知。
- 未公示告知的规章制度，同样对员工不发生效力。
四、员工权益的保护
知情权与参与权：
- 公司在制定和执行相关规章制度时，应确保员工的知情权和参与权，让员工了解并参与到规章制度的制定过程中。
合法权益不受侵犯：
- 在采取任何处理措施时，公司应充分考虑员工的合法权益，确保不违反法律法规和劳动合同的约定。
- 员工有权对不合理的处理措施提出异议，并通过合法途径维护自己的权益。
五、综合建议
明确规定与标准：
- 公司应制定明确、具体的卫生不合格处理措施，并事先告知员工，确保规定的明确性与合理性。
遵循法律程序：
- 在制定和执行规章制度时，公司应遵循法律程序和民主原则，确保程序的合法性与透明度。
加强沟通与培训：
- 公司应加强与员工的沟通，提高员工对卫生标准的认识和重视程度。
- 定期组织卫生培训，提升员工的卫生意识和操作技能。
综上所述，公司以卫生不合格为由对员工进行处罚时，应确保自身行为的合法性和合规性，同时尊重和保护员工的合法权益。通过纳入绩效考核体系、因员工过错导致公司损失的赔偿等合理方式进行处理，并遵循民主程序制定规章制度、履行公示告知义务等法律要求。